Фактор Ха, образующийся в первую фазу внутренней и внешней систем коагуляции, представляет собой активную сериновую пептидазу, субстратом которой является протромбин (фактор II). Активирование протромбина во многом напоминает активирование фактора Х, поскольку является продолжением этого процесса и обеспечивается присоединением к вышеупомянутому теназному комплексу факторов V и протромбина и формированием протромбиназного комплекса в состав которого входят тромбопластин тромбоцитов (Р3), факторы Ха, V и ионы Са2+ и протомбин. Подобно фактору VIIIа, фактор Vа, не являясь протеазой, обеспечивает оптимальную взаимоориентацию факторов Ха и протромбина, необходимую для превращения протромбина в тромбин фактором Ха. Следовые количества тромбина активируют фактор V, а большие количества его инактивируют. Первые порции образовавшегося тромбина ускоряют дальнейшее образование тромбина, оказывая влияние почти на все предыдущие реакции коагуляции. Тромбин активирует тромбоциты, что способствует более быстрому образованию протромбиназы и самого тромбина. Кроме этого, тромбин является сильным активатором факторов V и VIII (превращение фактора V и фактора VIII в активную форму осуществляется в результате частичного их протеолиза).