На втором этапе — с 60-х по 90-е годы

- характерны коренная перестройка территориально-экономических исследований, зарождение и стартовое развитие при плановом хозяйстве региональной экономики.

В условиях сложившегося народнохозяйственного комплекса страны, при огромных масштабах капитального строительства, материального производства, хозяйственного освоения («вширь» и особенно «вглубь») территорий прежние методы региональных исследований — в основном только выборочные экспедиционные и камеральные (включая общественные апробации разработок на научных форумах и т. п.) — изжили себя.

Необходимо было переходить к принципиально новым. Страна нуждалась в единой всеохватывающей системе научного, предпланового обоснования регионального развития и размещения производительных сил.

Научным центром территориальной организации производительных сил стал СОПС, переведенный из Академии наук в состав Госплана СССР. На него было возложено руководство подготовкой крупных научно-теоретических, методологических исследований и прежде всего впервые — разработкой генеральных схем развития и размещения производительных сил страны, включавших региональные и отраслевые схемы. Вместе с ним успешно работали ЦЭНИИ при Госплане РСФСР, Институт экономики и организации промышленного производства (ИЭ и ОПП) Сибирского отделения АН СССР, институты экономики Уральского и Дальневосточного отделения АН СССР и другие крупные научно-исследовательские организации.

Благодаря усилиям содружества творческих коллективов-соисполнителей во главе с ведущими учеными (Н. Н. Некрасов, А. И. Ведищев, А. Е. Пробст, С. В. Славин, Р. И. Шнипер и многие другие)

схемы развития и размещения производительных сил становились наряду с народнохозяйственными планами важнейшими инструментами территориального прогнозирования и планирования, обоснования территориальных пропорций и связей народного хозяйства.

В итоге в значительной степени обеспечивалась реализация принципов целенаправленного, комплексного и результативного размещения и регионального развития производительных сил.

Этот период отличался активизацией методических исследований.

Стали широко внедряться в научные разработки новейшие экономико-математические методы (В. С. Немчинов, А. Г. Аганбегян, А. Г. Гранберг, М. М. Албегов и др.). На основе системных, крупномасштабных территориально-экономических исследований по генеральной схеме, отраслевым и региональным схемам в СОПСе сформировалась научная школа комплексного размещения производительных сил и региональной экономики.