Организация и структура МВД определены Положением о Министерстве внутренних дел ПМР, которое было утверждено 07 февраля 2005 года Указом Президента ПМР № 60.
Структуру МВД ПМР можно представить в виде следующей схемы:
1. Криминальная милиция:
а) управление уголовного розыска;
б) управление по борьбе с организованной преступностью и коррупцией;
в) управление по борьбе с экономическими преступлениями;
г) управление криминального поиска;
д) подразделения уголовного розыска территориальных органов внутренних дел;
е) подразделения по борьбе с экономическими преступлениями территориальных органов внутренних дел.