Ни один подход к изучению политики не свободен от нерешенных проблем, и институциональный анализ в данном случае не составляет исключения. Это направление научных исследований столкнулось с целым рядом теоретических вопросов, возникших в ходе применения коллективистских и структурных методов истолкования изучаемых явлений, на которые не замедлили указать их критики (Pedersen, 1991; Jordan, 1990). Так, проблемы, которые не дают покоя сторонникам институционального анализа, нередко представляют собой оборотную сторону тех вопросов, которые постоянно беспокоят ученых, работающих на микроуровне. Если микроуровневый анализ сталкивается с проблемой методологического индивидуализма, то институционализм решает проблему экологических ошибок.