Одним из важнейших методологических затруднений являлось непонимание того обстоятельства, что на ранних этапах своего развития теория может не объяснить все факты ее предметной области. Поэтому господствовало представление о том, что один единственный факт, противоречащий теории может ее полностью опровергнуть.
Структура познавательной деятельности в биологии неизменна, методологические принципы биологического познания исторически не развиваются.
Считалось, что в том виде, в котором методологические установки появились, они будут существовать всегда. Само выделение методологических принципов познания биологических объектов – уже большое достижение.