Внутригосударственный закон, с другой стороны, был принят в текущем году по итогам всенародного голосования (референдума)

Как должен поступить в подобной ситуации национальный суд?

Национальный суд должен обратиться в Суд ЕС с преюдициальным запросом

- запрос о соответствии внутригосударственных актов праву Сообщества. Подобные запросы подаются, когда при рассмотрении дел в национальных судах обнаруживается возможное противоречие между правовым регулированием на внутригосударственном уровне и на уровне ЕС.

Если национальный суд констатирует такое несоответствие, он обязан руководствоваться источниками и нормами последнего (в соответствии с принципом верховенства права Европейского Союза). Если же он испытывает сомнения, то может приостановить дело и обратиться с запросом в Суд Европейских сообществ.

http://eulaw.edu.ru/index.htm