Основним принципом, на якому ґрунтується протокол міжнародних організацій, є повага до всього, що символізує незалежність і суверенітет держав. У формуванні правил і норм протоколу міжнародних організацій важливу роль відіграли правила протоколу в ООН, яких тією чи іншою мірою дотримуються інші міжнародні організації.Головним міжнародно-правовим документом, який регламентує діяльність постійних представників та постійних представництв держав при міжнародних організаціях, делегацій та спостерігачів в органах та на конференціях, що скликаються міжнародною організацією чи під її егідою, є Віденська конвенція про представництво держав у їх відносинах із міжнародними організаціями універсального характеру від 14 березня 1975 р.
Функції протокольних служб міжнародних організацій можна продемонструвати на прикладі служби протоколу і зв'язку, яка структурно входить до канцелярії Генерального секретаря ООН. Так, в обов'язки цієї служби входить: оформлення прийому нових країн в члени ООН; організація вручення повноважень новими постійними представниками Генеральному секретареві ООН; вирішення питань, пов'язаних із перебуванням у Нью-Йорку постійних представників країн-членів при ООН (реєстрація документів, видача посвідчень особи, забезпечення привілеїв та імунітетів, посередництво між іноземними представництвами в ООН і урядом США); забезпечення протокольних заходів Генерального секретаря ООН; зустріч високопосадових гостей і забезпечення їх перебування в штаб-квартирі Організації і в США; підтримання порядку старшинства при розміщенні делегацій; використання прапора ООН і державних прапорів, протокольне забезпечення церемоній підписання конвенцій, договорів тощо.
Згідно зі Статутом прийом нових членів в Організацію Об'єднаних Націй відбувається на початку чергової сесії Генеральної Асамблеї. Після голосування керівник протокольної служби ООН проводить делегацію прийнятої держави до її місця у залі засідань. Наступного дня після прийому перед штаб-квартирою ООН влаштовується урочиста церемонія підняття державного прапора нової країни - члена ООН поряд із прапорами інших країн-членів, піднятих у порядку англійського алфавіту справа наліво, якщо дивитися від будинку. На церемонії підняттяпрапора присутні посадові особи сесії, Генеральний секретар ООН глави делегацій на сесії. Прапори країн-членів піднімають зі сходом опускають із заходом сонця. Від імені Генерального секретаря ООН у цей день влаштовується прийом.
Вступ на посаду постійного представника країни-члена ООН. На призначення постійного представника при ООН, на відміну від призначення посла, агреман не запитується. Після прибуття новопризначеного постійного представника в Нью-Йорк через протокольну службу ООН узгоджується дата і час вручення повноважень Генеральному секретареві ООН. Копія повноважень і біографічна довідка нового постійного представника попередньо направляється до протокольної служби ООН.
Згідно із існуючою протокольною практикою постійний представник після вручення повноважень складає візити голові Генеральної асамблеї ООН, якщо в цей час відбувається її сесія, голові Ради Безпеки, голові Економічної і Соціальної Ради, голові Ради з Опіки, генеральним директорам спеціалізованих установ ООН, при яких він акредитований, деяким вищим функціонерам ООН, за бажанням губернатору штату Нью-Йорк.
Важливим з точки зору організації роботи та протокольного забезпечення міжнародних форумів є питання офіційних та робочих мов міжнародних організацій, конференцій. Наприклад, під час сесій Генеральної Асамблеї ООН виступи на кожній із шести офіційних мов ООН перекладаються на інші офіційні мови. Представник, який виступає мовою, яка не має в ООН статусу офіційної, відповідно до правила 53 Правил процедури Генеральної Асамблеї ООН, повинен сам забезпечити усний переклад або надати текст виступу однією з офіційних мов. Якщо делегація надає текст промови офіційною мовою, він перекладається на інші офіційні мови перекладачами ООН. Делегація може надавати в розпорядження перекладача ООН свого представника для зручності (з метою забезпечення синхронності перекладу виступу).