Причины возникновения заболевания не изучены. Предполагают роль некоторых вирусов и иммуногенетических факторов.
Основным патогенетическим механизмом поражения почек и легких при МПА считают образование аутоантител к различным цитоплазматическим компонентам нейтрофилов (АНЦА). Эти аутоантитела специфичны в отношении ферментов нейтрофилов - сериновой протеиназы 3 (цАНЦА имеют цитоплазматическое свечение) и миелопероксидазы (пАНЦА имеют перинуклеарное свечение). В активной фазе болезни АНЦА обнаруживают в 100% случаев. Установлено также повышение продукции неоптерина (показатель γ-интерферонзависимой активации моноцитарных фагоцитов) у больных тяжелым васкулитом, что указывает на участие клеточного иммунитета в патогенезе МПА.
Некротизирующий васкулит при МПА носит распространенный характер, поражая многие органы и системы. Наиболее выраженные изменения отмечают в почках, легких и коже. В почках обнаруживают фокальное сегментарное воспаление с некрозом, экстракапиллярной пролиферацией (образованием полулуний в клубочках) и отложением иммунных комплексов и комплемента в клубочках. В легких отмечают поражение капилляров. Фибриноидные тромбы формируются в капиллярах межальвеолярных перегородок. В воспалительном клеточном инфильтрате преобладают полиморфно-ядерные лейкоциты; гранулемы отсутствуют.