Единую систему органов национальной безопасности Республики Казахстан составляют: Комитет национальной безопасности Республики Казахстан, его ведомства, территориальные и иные органы национальной безопасности, войска Комитета национальной безопасности, подразделения специального назначения, учебные заведения, научно-исследовательские учреждения и другие подведомственные организации.
Комитет национальной безопасности, его ведомства, территориальные и иные органы национальной безопасности могут создавать вне места их нахождения иные обособленные структурные подразделения, не подлежащие учетной регистрации в уполномоченном органе.
Комитет национальной безопасности образуется, упраздняется и реорганизуется Президентом Республики и не входит в систему центральных исполнительных органов Республики. Комитет национальной безопасности возглавляет Председатель, который назначается на должность Президентом Республики с согласия Сената Парламента Республики и освобождается Президентом Республики от должности.
Территориальные органы Комитета национальной безопасности по областям, городу республиканского значения и столице Республики и подчиненные им городские и районные управления (отделы, отделения) призваны выполнять возложенные на органы национальной безопасности задачи на соответствующей территории.
Ведомства Комитета национальной безопасности создаются для реализации возложенных на органы национальной безопасности задач по отдельным направлениям их деятельности.
Органы военной контрразведки предназначены для реализации возложенных на органы национальной безопасности задач в Вооруженных Силах, других войсках и воинских формированиях Республики Казахстан.
Войска Комитета национальной безопасности выполняют возложенные на органы национальной безопасности задачи в мирное и военное время.
Для пресечения террористических актов и иных особо опасных преступных посягательств на личность, общество и государство существуют подразделения специального назначения.
1 декабря 2000 г. в г. Минске Советом глав государств Содружества Независимых Государств было утверждено Положение об Антитеррористическом центре государств участников Содружества Независимых Государств.
Центр является постоянно действующим специализированным отраслевым органом СНГ и предназначен для обеспечения координации взаимодействия компетентных органов государств-участников Содружества Независимых Государств в области борьбы с международным терроризмом и иными проявлениями экстремизма. Решения о принципиальных вопросах деятельности Центра принимаются Советом глав государств Содружества Независимых Государств.
Пограничные войска КНБ Республики Казахстан были образованы Указом Президента Республики Казахстан от 18 августа 1992 года, №862.
В настоящее время Пограничная служба Комитета национальной безопасности Республики Казахстан — это специальная служба, предназначенная для охраны и защиты государственной границы, предупреждения и пресечения посягательств на суверенитет и территориальную целостность Республики Казахстан на суше, море, озерах, реках и иных водоемах, а также ее экономических интересов на государственной границе.
Неотъемлемая функция любого государства — это разведка. Становление отечественной внешней разведки Республики Казахстан тесно связано с историей формирования органов национальной безопасности в целом. Безусловно, в силу своего специфическою характера и решаемых задач разведка во все времена была и остается одной из самых закрытых сфер человеческой деятельности. До распада Советского Союза в составе КГБ Казахской ССР действовало немногочисленное Первое управление, решавшее узкий круг разведывательных задач, определенных ПГУ КГБ СССР.