Эмболэктомия из легочных артерий показана у пациентов высокого риска, когда тромболитическая терапия либо невозможна, либо оказалась неэффективной, либо когда не остается времени для проявления эффекта фибринолитика. Лучшие результаты получены в специализированных кардиохирургических стационарах, где операция может быть проведена в условиях искусственного кровообращения.
Катетерная эмболэктомия или фрагментация проксимальных тромбоэмболов в стволе легочной артерии и магистральных легочных артериях может рассматриваться, как альтернатива хирургическому вмешательству для пациентов с ТЭЛА с высоким риском, когда тромболизис противопоказан или оказался неудачным.