Собрание акционеров, роль которого выполняет государство в лице Правительства РФ, Наблюдательный совет в составе 11 членов и исполнительный орган - Правление.
Возглавляет ОАО «РЖД» Президент, который по должности является Председателем Правления ОАО. Президент ОАО «РЖД» назначается на должность и освобождается от должности Президентом РФ по представлению Правительства РФ.
Президент ОАО «РЖД» имеет трёх (или более) Первых Вице-президентов, которые назначаются на должность и освобождаются от должности Правительством РФ по представлению Президента ОАО «РЖД», и нескольких Вице-президентов, которые назначаются на должность и освобождаются от должности Президентом ОАО «РЖД».
Начальники ж/дорог по должности являются Вице-президентами ОАО «РЖД».
В Правление ОАО «РЖД» входят все её Вице-президенты, директора департаментов и начальники управлений ОАО «РЖД», руководитель Российского профсоюза железнодорожников и транспортных строителей, могут входить руководители отраслевых научно-исследовательских институтов, дочерних обществ и холдингов, представители других организаций.
В Правлении ОАО «РЖД» из числа его членов создаётся Президиум (Коллегия) Правления в составе 20 - 25 человек.
Структура управления ОАО «РЖД» закрепляется в её уставе, который утверждается постановлением Правительства РФ.
На ж.д. транспорте сложилась достаточно стройная система управления, состоящая из двух ветвей:
§ линейной:
ОАО РЖД – упр-ние дороги – отделение дороги – отраслевое линейное предприятие;
§ функциональной: