Организация подает декларации по месту своего нахождения, даже если у нее есть обособленные подразделения. Сдавать декларации по месту регистрации обособленных подразделений не нужно. Глава 26.2 НК РФ (а именно ст. 346.23 НК РФ) не устанавливает каких-либо особенностей на этот счет.
Главное, чтобы эти подразделения не имели статуса представительства или филиала. Ведь тогда организация теряет право на применение УСН (пп. 1 п. 3 ст. 346.12, п. 4 ст. 346.13 НК РФ).
Примечание
До 31 декабря 2012 г. аналогичные выводы следовали из условия пп. 1 п. 3 ст. 346.12, п. 4.1 ст. 346.13 НК РФ. В части рассматриваемого вопроса положения законодательства не изменились.
Подробнее о запрете на применение УСН при наличии филиала (представительства) вы можете узнать в разд. 2.5 "Запрет на применение УСН организациями, которые имеют филиалы и (или) представительства".
При этом одна декларация подается в целом по всей организации. Отдельные декларации по подразделениям заполнять и представлять в налоговую инспекцию не следует.
Такие разъяснения дают контролирующие органы (Письмо УФНС России по г. Москве от 31.08.2010 N 16-15/091423@).
СПОСОБ ПРЕДСТАВЛЕНИЯ НАЛОГОВОЙ ДЕКЛАРАЦИИ