После окончания русско-турецкой войны 1877-1878 гг. принадлежавшая казне железная дорога влилась в частное Общество Юго-Западных железных дорог. Там Витте получил место начальника эксплуатационного отдела. Новое назначение потребовало переезда в Петербург. События 1 марта 1881 г., оставившие заметный след в биографии Витте, застали его уже в Киеве.
В 1887 году Витте, служил управляющим Юго-Западными железными дорогами, а в 1889 году он получил должность директора департамента железных дорог в министерстве финансов (потеряв при этом в доходах). Витте со свойственной ему энергией начал завоевывать Петербург; в начале 1892 года он уже министр путей сообщения.
В августе 1892 году Витте сделался его приемником на посту министра финансов. Заняв кресло на посту одного из самых влиятельных министров, Витте показал себя реальным политиком, заявившего о своей готовности в течение двух пятилетий вывести Россию в разряд передовых промышленных держав.
В начале 90-х годов Витте еще не изменил общинным идеалам, считал русское крестьянство консервативной силой и "главной опорой порядка". Видя в общине оплот против социализма, он сочувственно относился к законодательным мерам конца 1880-х - начала 1890-х годов, направленных на ее укрепление.
Промышленность, строительство и железные дороги в 90-х годах активно развивались. Этому в какой-то степени способствовало и обнищание крестьян и землевладельцев после неурожая 1891 г. и последовавшего за ним голода. Именно этот упадок в экономике и привел общественность к осознанию необходимости принять меры для обуздания реакционных деятелей в правительстве, толкавших страну на грань экономического и духовного распада. В этой обстановке появился на политической сцене С.Ю. Витте. На этого в высшей мере талантливого человека легла задача преобразования экономической жизни страны.
В 1894-95 гг. Витте добился стабилизации рубля, а в 1897 сделал то, что не удавалось его предшественникам, - ввел золотое денежное обращение, обеспечив стране твердую валюту вплоть до первой мировой войны и приток иностранных капиталов. При этом резко увеличилось налогообложение, особенно косвенное. Одним из самых эффективных средств выкачивания денег из народного кармана стала введенная Витте государственная монополия на продажу спирта, вина и водочный изделий.
На рубеже XX века экономическая платформа Витте приняла вполне определенный и целенаправленный характер: в течение примерно 10 лет догнать в промышленном отношении более развитые страны Европы, занять прочные позиции на рынках Ближнего, Среднего и Дальнего Востока. Ускоренное промышленное развитие обеспечивалось путем привлечения иностранных капиталов, накопления внутренних ресурсов с помощью казенной винной монополии и усиления косвенного обложения, таможенной защиты промышленности от западных конкурентов и поощрения вывоза. Иностранным капиталам в ней отводилась особая роль - в конце 90-х годов Витте выступил за неограниченное привлечение их в русскую промышленность и железнодорожное дело, называя эти средства лекарством против бедности и ссылаясь при этом на пример из истории США и Германии.
Особенность приводимого Витте курса состояла в том, что он как ни один из царских министров финансов, широко использовал исключительную экономическую силу власти, существовавшую в России. Орудиями государственного вмешательства служили Государственный банк и учреждения министра финансов, контролировавшие деятельность коммерческих банков.
В условиях подъема 1890-х годов система Витте способствовала развитию промышленности и железнодорожного строительства; к 1900 году Россия вышла на 1 место в мире по добыче нефти. Казавшийся стабильным политический режим и развивавшаяся экономика завораживали мелкого европейского держателя, охотно покупавшего высокопроцентные облигации русских государственных займов и железнодорожных обществ.
В 1890-е годы резко возросло влияние Министерства финансов, а сам Витте на какое-то время выдвинулся на первое место в бюрократическом аппарате империи. Витте не скупился в расходах, рекламируя в европейских газетах и журналах финансовое положение России, свой экономический курс и собственную персону.
В конце 1890-х годов казалось, что Витте доказал своей политикой невероятное: жизнеспособность феодальной по своей природе власти в условиях индустриализации, возможность успешно развивать экономику, ничего не меняя в системе государственного управления.
Однако, честолюбивым замыслам Витте не суждено было осуществиться. Первый удар по ним нанес мировой экономический кризис, резко затормозивший развитие промышленности; сократился приток иностранных капиталов, нарушилось бюджетное равновесие. Экономическая экспансия на Дальнем и Среднем Востоке, сама по себе связанная с большими расходами, еще и обострила русско-английские противоречия и приблизила войну с Японией.
С началом же военных действий ни о какой последовательной экономической программе не могло уже быть речи.
Ускоренная индустриализация России не могла быть успешной при сохранении традиционной системы власти и существовавших экономических отношений в деревне и Витте скоро начал отдавать себе в отчет. "...сделавшись механиком сложной машины, именуемой финансами Российской империи нужно было быть дураком, чтобы не понимать, что машина без топлива не пойдет. Топливо это - экономическое состояние России, а так как главная часть населения - это крестьянство, то нужно было вникнуть в эту область". В 1896 году Витте отказался от поддержки общинного землевладения. В 1898 г. он сделал первую попытку добиться в комитете министров пересмотра аграрного курса, сорванную, однако, В. К. Плеве, К. П. Победоносцевым и П. Н. Дурново. К 1899 году при участии Витте были разработаны и приняты законы об отмене круговой поруки. Но общинное землевладение оказалось твердым орешком. В январе 1902 года Витте возглавил Особое Совещание о нуждах сельскохозяйственной промышленности, тем самым, взяв, казалось бы, к себе в министерство финансов общую разработку крестьянского вопроса. Противники Витте из помещичьего лагеря обвиняли его в том, что своей политикой поощрения промышленности он разорил сельское хозяйство. Это, вообщем, несправедливо. Главная причина отставания сельского хозяйства заключалась в сохранении крепостнических пережитков в деревне. Выкуп за землю вынул из кармана крестьян больше денег, чем создание промышленности. Сделал свое дело аграрный кризис. А вот ко всему этому добавилась уже и политика Витте.
Незавершенность реформы 1861 года, мировой аграрный кризис и «виттэвская» индустриализация, вместе взятые, действительно привели сельское хозяйство на рубеже XIX - XX веков к глубокому кризису. К концу XIX века и Витте, и его противники заговорили о "перенапряжении платежных сил сельского населения". Эти слова отражали искреннюю и глубокую тревогу представителей власти. На платежеспособности крестьян держались и развитие промышленности, и государственный бюджет. Противники Витте усилили нападки на политику индустриализации.
В июне 1902 года Плеве в противовес «Особому совещанию» создал при своем министерстве (внутренних дел) еще один центр разработки аграрной политики, которая стала поприщем соперничества двух министров.
В манифесте 26 февраля 1903 года, определившем программу царизма, какой ее видели Николай II и Плеве, снова, хотя и с некоторыми оговорками, провозглашалась "неприкосновенность общинного строя крестьянского землевладения". Объединенными усилиями противники Витте при очевидном сочувствии императора начали оттеснять министра финансов и от рычагов управления дальневосточной политикой, находившихся до того в его почти исключительном владении. Каковы бы ни были в совокупности причины увольнения Витте с должности министра, отставка в августе 1903 года нанесла ему удар: пост председателя комитета министров, который он получил, был неизмеримо менее влиятелен. Сам Витте поэтому сравнивал свое пребывание на этом посту с тюремным заключением.
Самодержавие, ставшее к тому времени не более чем пережитком российской истории, было обречено. Однако, Николай II, вместо того, чтобы продолжить реформы своего деда и даровать конституцию, с помощью таких людей, как Плеве, упрямо тянул страну назад, к самым мрачным временам бюрократического абсолютизма.
Новая ситуация создалась после 15 июля 1904 года, когда был убит министр внутренних дел Плеве. Она породила энтузиазм и небывалое возбуждение. На пост министра внутренних дел был назначен генерал-губернатор Вильно, князь П.Д. Святополк-Мирский, о котором с почтением отзывались все, знавшие его. Культурный образованный человек он обладал взглядами, куда более современными, чем взгляды его предшественника. Вступление на министерский пост он ознаменовал заявлением, в котором он обещал проводить политику, прислушивающуюся к голосу общественности, с мнением которой он, по его словам, всегда считался; стремился разрядить сгущавшуюся политическую атмосферу. К Витте вернулось деятельное состояние; он высказался за создание "объединенного" правительства с ним самим в качестве премьера и даже засел за изучение государственного права, чтобы постичь основы конституционного строя.
На протяжении осени 1904 года, получившей в политической истории России парадоксальное название "политическая весна" и "весна Святополк-Мирского", Витте принял во всех действиях живое и хлопотливое участие, демонстративно поддерживая Святополк-Мирского.
12 декабря 1904 года был опубликован императорский указ, предусматривавший осуществление целого ряда реформ. Его положения касались: религиозной терпимости; свободы слова и реформы законов о печати; пересмотра трудового законодательства. Витте попытался обернуть его себе на пользу, добившись того, чтобы разработка намеченных в нем мероприятий была поручена комитету министров.
Витте опубликовал свою антиобщинную платформу (декабрь 1904 "Записка по крестьянскому делу"). Рост эффективности сельскохозяйственного производства при низких ценах на его продукцию был важной составной частью «виттэвской» программы индустриализации. Он видел в этом средство и для высвобождения в деревне рабочих рук, которые использовались бы в промышленности, для удешевления труда промышленного пролетариата. Тут-то главным тормозом и оказывалась община, приверженцем которой он был в молодости. Витте стал видеть в общине причину крестьянского оскудения и предмет крайнего поклонения как крайних консерваторов, интриговавших против него у царя, так и социалистов, учения которых были враждебны всему тому, что он отстаивал. Он требовал сделать из крестьянина "персону" путем уравнения крестьян в правах с другими сословиями. Речь шла при этом обо всех правах, в том числе и имущественных, иными словами - о выходе из общины с выделом земли. В общине Витте видел не только препятствие к развитию сельскохозяйственного производства, но и одну из форм революционной угрозы, поскольку она воспитывала пренебрежение к праву собственности. Он утверждал в мемуарах, что видел суть крестьянского вопроса именно в замене общинной собственности на земельно-индивидуальной, а не в недостатке земли, а стало быть и не в том, чтобы провести принудительное отчуждение помещичьих владений.
Однако, все это, по крайней мере по отношению ко времени пребывания Витте в министерстве финансов, было до некоторой степени запоздалым остроумием. Кроме отмены в 1903 году круговой поруки за внесение прямых налогов, Витте мало что сделал на министерском посту против общины. Но в Совещании о нуждах сельскохозяйственной промышленности под председательством Витте общине был нанесен сильный удар, впрочем, чисто теоретический. Витте считал, что если бы Совещанию дали окончить работу, то многое, что потом произошло, было бы устранено. Крестьянство, вероятно, не было бы так взбаламучено революцией, как оно оказалось.
Между тем приближался январь 1905 г., и уже шла русско-японская война. Поражения в Манчжурии снова продемонстрировали слабость власти. Либералы сочли, что за проигранную войну царизм вынужден будет, как и в 1861 году, заплатить реформами. Чтобы добиться этих реформ, и в первую очередь конституции, они не только усилили пропаганду в земских и интеллигентских кругах, но и решились на попытку скоординировать действия с революционерами.
События "Кровавого воскресенья" произвели коренной переворот в мышлении рабочих масс, на которые до этого времени весьма слабо действовала направленная на них пропаганда. Генерал Трепов и те, кто позволил ему совершить этот безумный акт, разорвали те духовные узы, которые связывали царя и простых рабочих.
17 января 1905 года Николай II, обращавшийся за советом к Витте и другим министрам, приказал ему составить из них совещание по "мерам, необходимым для успокоения страны", и о возможных реформах, сверх предусмотренных указом от 12 декабря 1904 года.
21 марта Совет министров, собравшись под предводительством Сольского, не без строгости осудил указ от 18 февраля 1905. Царя как бы обвинили в либерализме. Активное участие Витте в том заседании не осталось без последствий - царь закрыл возглавлявшееся Витте сельскохозяйственное совещание и совещание министров (по "объединенному" правительству).
Витте снова оказался не у дел, но пробыл в тени недолго. В это время приближалась развязка русско-японской войны. После Цусимы поиски пути прекращения войны с Японией снова вывели полу опального сановника на передний план (май 1905). 24 мая 1905 года на совещании при Совете министров Витте заявил, что "дипломатическая партия проиграна", и неизвестно, какой мирный договор удастся заключит министру иностранных дел. А через месяц (хотя это решение далось царю нелегко) вести переговоры о мире было поручено Витте.
Недюжинная одаренность, государственная опытность, широта взглядов и умение ориентироваться в чуждых российскому бюрократу американских политических правах помогли Витте в переговорах о мире с Японией. Соглашение с Японией, которого Витте добился для России не носило унизительного характера и не предусматривало никаких крупных уступок. 15 сентября 1905 года Витте вернулся в Петербург. Он получил за Портсмутский договор графский титул.
Именно осенью 1905 года (в октябре) впервые обсуждалась на совещании Витте с "общественными деятелями" кандидатура Столыпина на пост министра внутренних дел. С этого периода они находились на политической арене одновременно.