2021-11-09
37
Задание 1_1. Работа рассчитана на использование программы визуализации атомно-молекулярной структуры RasMol (RasMol.exe в папке RasMol2.6 или более новой версией raswin.exe в папке RasWin2.7.5.2).
Ответы на вопросы задания представить в текстовом виде «Ответы
2 – В структуре наностержня общее количество атомов – 136; Общее количество связей в структуре – 164
И т.д.»
1. Загрузить структуру наностержня (файл rod8.pdb).
2. Определить общее количество атомов и связей в структуре.
3. Определить отдельно количество атомов углерода и количество атомов водорода в структуре. (Они изображены соответственно светло серым и белым цветом).
4. Определить количество атомов водорода в наружном слое.
5. Загрузить структуру фуллерена (файл f.pdb).
6. Определить общее количество атомов и связей в структуре.
7. Загрузить структуру нанотрубки (файл nt4.pdb).
8. Определить общее количество атомов и связей в структуре.
9. Загрузить структуру алмозоидной пластинки (файл diamond111.pdb).
10. Определить общее количество атомов и связей в структуре.
11. Атомы каких элементов входят в эту структуру?
12. Загрузить структуру малого подшипника (файл small.pdb).
13. Определить общее количество атомов и связей в структуре.
14. Атомы каких элементов входят в эту конструкцию?
15. Загрузить структуру молекулы гемоглобина (файл hemo.ent).
16. Найдите в нем атомы железа (они находятся в центре и служат для переноса кислорода)
ЗАМЕЧАНИЯ И ИНФОРМАЦИЯ
1. Прежде чем загружать новую структуру (Файл à Открыть… или File à Open…), необходимо через команды меню (Файл à Закрыть или File à Close) закрыть активную в данный момент структуру.
2. Можно использовать информацию о файле через пункты меню (Файл à Информация или File à Information).
3. Для лучшей визуализации следует выбрать режим «Атомы и связи» (Вид à Атомы и связи или Display à Ball & Stick).
4. Часть информации можно взять непосредственно из файла с расширением PDB, открыв его в любом текстовом редакторе.
5. При запуске программы появляются два окна: графическое окно и окно командной строки. Это можно увидеть в панели задач Windows (обычно внизу экрана). При нажатии левой клавиши мыши на каком-либо атоме графического окна в окне командной строки появляется информация, например, о типе элемента, его порядковом номере в структуре и прочее в зависимости от отмеченных опций в меню «Установки».
6. Для вращения, перемещения и увеличения используйте перемещение мыши с нажатыми на ней клавишами, а также в комбинации с клавишами клавиатуры “Shift”.
7. Принятые цвета для обозначения атомов можно посмотреть в файле RasMolReferenceCard.pdf, там также есть другая полезная информация для работы.
Пункт меню Display / Вид – выбор варианта отображения структуры молекул (особенно полезно для белков):
| Wireframe Каркас | тонкая "проволочная" модель (открывается по умолчанию) |
| Backbone Скелет | каркасная модель, отображающая только расположение основных атомов углерода и азота цепи белка |
| Sticks Связи | каркасная "палочная" модель, показывающая и радикалы аминокислот |
| Spacefill Ван-дер-Ваальсов радиус | атомы показываются в виде крупных шаров (т.е. реальных пропорций) |
| Ball & Stick Атомы и связи | ("шары и палки") отображает атомы и связи между ними |
| Ribbons Ленты | показывает элементы вторичной структуры белка как ленты |
| Strands Нити | то же, но в виде тонких линий |
| Curtoons Картон | то же, но в виде объемных ("картонных") полос |
| Молекулярная поверхность | Внешняя поверхность молекулы – довольно долго происходит отрисовка |
Пункт меню Colours позволяет изменить цвет атомов и структур в молекуле:
| Monochrome | черно-белое изображение |
| CPK | атомы окрашиваются по международной номенклатуре (кислород – красным, азот – синим и т.п.) |
| Shapely | выделение каждой аминокислоты своим цветом |
| Group | порядок расположения групп в большой молекуле цветовым переходом (Каждый Охотник Желает Знать, Где Сидит Фазан) |
| Chain | выделение отдельных цепей в молекуле белка с четвертичной структурой |
| Temperature | отображает относительную подвижность атомов при нагревании |
| Structure | выделяет цветом элементы вторичной структуры (a-спирали – красным, b-складчатые листы – желтым, неспирализованные участки – синим, небелковые компоненты – красным) |
Интернет-ссылки
http://www.rasmol.org – сайт программы RasMol
http://www.crystallography.net – Crystallography Open Database (Открытая база данных по кристаллографии)
http://www.chemspider.com/Chemical-Structure.4955305.html – примеры простейших атомных структур различных материалов
Примеры ZrO2
http://www.crystallography.net/1010912.html?cif=1010912
http://www.chemspider.com/Chemical-Structure.4955305.html
http://www.chemspider.com/Chemical-Structure.56183.html?rid=0b12bc72-2b9c-4d42-99e0-8007c7d1ac54
Задание 1_2. Работа рассчитана на использование программы визуализации атомно-молекулярной структуры V_Sim (v_sim-3.5.0 в папке V_Sim).
1. Установить программу v_sim-3.5.0 себе на компьютер (разархивировав архив v_sim-3.5.0-win32.zip).
2. Ознакомиться с документацией по программе на сайте программы (см. Интернет-ссылку ниже).
3. Просмотреть структуры из папки «examples» в папке «V_Sim». Предварительно эту папку «examples» лучше скопировать в корень диска (чтобы в пути не было русских букв.
