В ферментативном секвенировании фрагменты получают путем остановки синтеза ДНК-цепи на разных этапах, при проведении же секвенирования по Максаму- Гилберту фрагменты получают путем ограниченного (только в одном месте по одному основанию) химического разрыва меченых молекул ДНК.
Рис. 14. Принцип секвенирования ДНК методом химической деградации