С глубинным строением территории связано наличие и распространение разнообразных полезных ископаемых. Имеются: горючие (нефть, природный газ, уголь, торф), металлические (железо, медь, алюминий, марганец, хром), неметаллические (каменная соль, известняк, гипс, поделочные камни и др.) ископаемые, а также богатство особого рода – подземные воды, включая свыше 50 источников минерализованных вод (Красный ключ, Кургазак, Ассинский, Красноусольский, Юматовский, Тереклинский и др.). В сочетании с залежами лечебных грязей и чистым воздухом горных и степных районов они делают Башкортостан одной из крупных здравниц Российской Федерации.
Всего открыто 3,5 тыс. месторождений полезных ископаемых. Горючие и неметаллические месторождения распространены в Западном Башкортостане, рудные – в горной части и Зауралье.