На акупаваных тэрыторыях быў усталяваны “ новы парадак ”, ідэалагічным падмуркам якога была тэорыя “расавай перавагі” нямецкай арыйскай расы над іншымі народамі, што давала першым права на сусветнае панаванне і права патрабаваць сабе “жыццёвую прастору”.
Мэты агрэсараў у адносінах да тэрыторыі СССР былі абазначаны ў плане “Ост” і “Дырэктывах па кіраўніцтву эканомікай у зноў акупіраваных усходніх абласцях” (так званая “ Зялёная папка ”). Яны прадугледжвалі паэтапную каланізацыю і германізацыю захопленых тэрыторый з мэтай поўнага выкарыстання яе рэсурсаў, знішчэнне каля 75% беларусаў і “агерманьванне” 25% беларусаў для выкарыстоўвання іх як працоўнай сілы. Практычныя рэкамедацыі па правядзенні гэтай палітыкі ўтрымлівала “Інструкцыя аб асобных абласцях да дырэктывы №21” да плана “Барбароса” ад 13 сакавіка 1941 года.
Адначасова з акупацыяй знішчаліся органы савецкай улады, мяняўся тэрытарыяльны падзел. Так, Віцебская, Магілёўская, Гомельская і ўсходнія часткі Мінскай і палесскіх абласцей увайшлі ў склад “вобласці армій тылу” группы армій “Цэнтр”. Улада тут належыла Штабу тыла групы армій “Цэнтр”, палявым і мясцовым камендатурам. Паўднёвыя часткі Гомельскай, Палесскай, Піснкай і Брэсцкай абласцей з гарадамі Мазыр, Пінск, Брэст перадаваліся рэйхскамісарыяту “Украіна”. Беластоцкая, частка Брэсцкай і Баранавіцкай абласцей увайшлі ў склад Усходняй Прусіі. Паўночна-Заходнія раёны Вілейскай вобласці ўвайшлі ў склад генеральнай акругі “Літва”, і толькі цэнтральная частка Беларусі ў складзе 68 раёнаў (з 201) утварылі генеральную акругу “Беларусь” у складзе рэйхскаміссарыята “Остланд” з рэзідэнцыяй у Рызе. На чале акругі стаяў генеральны камісарыят Беларусі, яму падпарадкоўваліся мясцовыя камісарыяты ў гарадах і раёнах. Ствараліся так сама органы мясцовага самакіравання – гарадскія ўправы на чале з бургамістрамі, раённыя ўправы, у валасцях прызначалі валасных старшынь, у вёсках стараст. Яны знаходзіліся пад пільным наглядам нямецкіх камендантаў і камісараў.
Для падтрымання парадку на тэрыторыі былі размешчаны 5 ахоўных дывізій і створаны паліцыйскі апарат. Акрамя таго, дзейнічалі аператыўныя групы рэйхсфюрэра СС Гімлера, якія распачалі масавы тэрор супраць насельніцтва. Агульная колькасць ваенна-паліцэскіх сіл на Беларусі дасягала 160 тыс. чалавек. Летам-восенню 1941 года на Беларусь былі ўведзены ўкраінскія і літоўскія прафашысцкія фарміраванні, якія адрозніваліся асаблівай жорсткасцю нават ў параўнанні з нямецкімі вайскоўцамі. Літоўскі батальён толькі з 5 кастрычніка па 7 лістапада 1941 года знішчыў 43 тысячы мірных беларусаў.
Акупанты стварылі сістэму лагераў і турам для розных катэгорый зняволеных. Ваеннапалонныя ўтрымліваліся ў дулагах, шталагах, афлагах, цывільныя асобы ў працоўных лагерах СД, перасыльных лагерах СС, штрафных лагерах, гета. На Беларусі было ўтворана каля 260 лагераў, буйнейшым быў Трасцянецкі пад Мінскам, дзе нацысты знішчылі каля 206.500 чалавек.