В крупных организациях целесообразно создавать специализированное структурное подразделение - службу контроллинга. Небольшие по размеру организации, как правило, не имеют в своей структуре такой службы, а основные функции контроллинга выполняет либо руководитель предприятия, либо его заместитель (при этом многие задачи интегрируются и упрощаются). При создании службы контроллинга на предприятии необходимо обеспечить ей оперативный доступ к информации планово-экономического и финансового отделов, бухгалтерии, служб сбыта и материально-технического снабжения. Кроме того, контроллеры должны иметь возможность быстро доводить информацию до сведения высшего руководства предприятия.
Главным принципом организации службы контроллинга является ее независимость от всех финансовых и экономических служб предприятия. На большинстве предприятий эта служба ставится в привилегированное положение, поскольку все остальные функциональные подразделения обязаны предоставлять ей необходимую информацию по первому требованию. Именно по этой причине рекомендуется подчинять службу контроллинга напрямую директору или его заместителям.
На тех отечественных предприятиях, где пытаются внедрить контроллинг, зачастую возникают конфликтные ситуации, инициированные планово-экономическими отделами, работники которых считают деятельность служб контроллинга «вторжением» на их законную территорию и поэтому либо открыто бойкотируют их деятельность, либо оказывают существенное сопротивление в предоставлении той или иной информации.
Принципиальная ошибка такой позиции состоит в том, что в функции планово-экономического отдела должны входить текущие расчеты затрат и финансовых результатов, в то время как отдел контроллинга должен концентрировать свое внимание не на текущих проблемах, а на непрерывном создании механизмов улучшения работы предприятия.