В I части книги Фукуямы "Конец истории" исследуется т.н. исторический пессимизм нынешнего времени, закономерный результат мировых войн, геноцида и тоталитаризма, характерных для ХХ века. Обрушившиеся на человечество бедствия подорвали не только присущую XIX веку веру в научный прогресс, который идёт во благо цивилизации, но и все представления о направленности и непрерывности универсальной истории.Тем не менее, Фукуяма задаётся вопросом, насколько оправдан наш пессимизм, и прослеживает глубокой кризис авторитаризма, характерный для последних десятилетий, и всё более уверенное шествие либеральной демократии: «Человечество приближается к концу тысячелетия, и кризисы-близнецы авторитаризма и социалистического централизованного планирования оставили на ринге соревнования потенциально универсальных идеологий только одного участника: либеральную демократию, учение о личной свободе и суверенитете народа». Её воспринимает всё большее число стран, в то время как её критики не в состоянии предложить последовательную альтернативу. Она превзошла и обескровила всех серьёзных политических противников, дав гарантии, что представляет собой кульминацию в истории человечества. Рассматривая в историческом контексте авторитарные режимы XX века, Фукуяма приходит к выводу, что «…ключевой слабостью, которая в конце концов и обрушила эти сильные государства, была неспособность к легитимности — то есть кризис на уровне идей. Если не считать режима Сомосы в Никарагуа, не было ни одного случая, когда старый режим был бы отстранён от власти вооружённым мятежом или революцией. Перемена режима становилась возможной из-за добровольного решения по крайней мере части деятелей старого режима передать власть демократически избранному правительству. Хотя это добровольное отречение от власти всегда провоцировалось каким-то непосредственным кризисом, в конечном счёте оно становилось возможным из-за набирающего силу мнения, что в современном мире единственный легитимный источник власти — демократия». Именно легитимность, то есть идеологическое обоснование права на существование, по мнению Фукуямы, даёт неисчерпаемый кредит доверия демократии.
Во II и III частях книги Фукуяма даёт два самостоятельных, но дополняющих друг друга очерка универсальной истории, которая, по его мнению, свидетельствует о логическом финале человеческой эволюции с наступлением всеобщей победы либеральной демократии. В первом очерке, подчёркивая всеобщий характер современных естественных и технических наук, автор сосредоточивается на императивах экономического развития. Общество, которое стремится к процветанию или просто защищает свою независимость от технически более развитых государств, вынуждено вступить на тот же путь модернизации. Хотя коммунистическое планирование из центра как будто предлагает альтернативный путь западной индустриализации, эта модель оказалась абсолютно неадекватной в условиях постиндустриальной экономики. Таким образом, в противоположность Марксу, логика экономического развития ведёт к крушению социализма и триумфу капитализма. Как считает Фукуяма, помимо стремления к свободе другой движущей силой истории является жажда признания. Стремление к тому, чтобы окружающие признали их человеческое достоинство, изначально помогло людям не только преодолеть в себе простое животное начало, но и позволило рисковать своей жизнью в сражениях. В свою очередь, это привело к разделению на господ и рабов. Однако такое аристократическое правление не смогло удовлетворить стремление к признанию как рабов, так и господ. Противоречия, которые порождает борьба за признание, могут быть устранены только с помощью государства, основанного на всеобщем и взаимном признании прав каждого гражданина.
В IV части Фукуяма отождествляет жажду признания с платоновским понятием thymes (духовность) и понятием Руссо amour-propre (самолюбие), а также с такими общечеловеческими понятиями, как «самоуважение», «самооценка», «достоинство» и «самоценность». Привлекательность демократии связана не только с процветанием и личной свободой, но и с желанием быть признанным, равным друг другу. Важность этого фактора увеличивается с ходом прогресса и модернизации: «По мере того, как люди становятся богаче, образованнее, космополитичнее, они требуют признания своего статуса». В этом Фукуяма видит объяснение стремления к политической свободе, даже в условиях экономически успешных авторитарных режимов. Жажда к признанию — это «утраченное звено между либеральной экономикой и либеральной политикой».
Часть V непосредственно посвящена вопросу, действительно ли либеральная демократия полностью удовлетворяет стремление человека к признанию и, таким образом, определённо представляет собой конечный пункт человеческой истории. Хотя, как считает Фукуяма, «либеральная демократия есть наилучшее решение человеческой проблемы», он также приходит к выводу, что ей присущ ряд внутренних «противоречий», из-за которых она может подвергнуться разрушению. Это и трения между свободой и равенством, которые открывают возможности атаки на демократию со стороны левых; они не обеспечивают равного признания меньшинствам и бедным, и длительный путь либеральной демократии, который разрушает религиозные и другие долиберальные воззрения, важные в общественной жизни, от которой она в конечном счёте зависит; и, наконец, неспособность общества, основанного на свободе и равенстве, обеспечить простор для стремления к превосходству. Фукуяма считает, что это последнее противоречие — самое серьёзное из всех. В связи с этим он использует ницшеанское понятие «последнего человека», или постисторического человека толпы, который ни во что не верит и ничего не признаёт, кроме своего комфорта, и который утратил способность испытывать благоговение. Главное опасение у Фукуямы вызывает не этот «последний человек», а то, что либеральная демократия будет разрушена из-за неспособности умерить стремление человека к борьбе. Если либеральная демократия одержит повсеместную победу, то тогда и человек «будет бороться против самой причины. Он будет бороться ради самой борьбы. Другими словами, люди будут бороться просто от скуки, они не представляют себе жизнь в мире без борьбы». В конечном счёте Фукуяма приходит к выводу, что удовлетворение может принести не только либеральная демократия, и поэтому «те, кто остался неудовлетворёнными, всегда смогут возобновить ход истории».