Между приближенными к престолу началась борьба за влияние на царя, на первое место выдвинулся царский шурин Борис Федорович Годунов.
В 1589 г. в Москве было утверждено патриаршество.
Последняя жена Ивана IV Мария Нагая со своим малолетним сыном Дмитрием и братьями была удалена из Москвы в город Углич. 15 мая 1591 г. царевич Дмитрий был убит.
В январе 1598 г. царь Федор умер. С его смертью прекратилась династия Рюриков на московском престоле.