В философско-методологической литературе предлагаются различные способы классификации научных теорий. Наиболее употребительными, помимо тривиального деления по дисциплинарному признаку (теории биологические, социологические и т.п.), являются следующие два подразделения, рассмотренные ниже.
1. Дедуктивные и недедуктивные научные теории.
Основанием здесь служит логическая структура, которая имеет главенствующее значение в построении той или иной теории. Как правило, дедуктивным теориям соответствуют, прежде всего, концепции точного естествознания и математических наук. Дедуктивные теории
характерны для достаточно высокого уровня теоретического развития; они имеют гипотетико-дедуктивную или аксиоматическую структуру. Среди недедуктивных теорий выделим индуктивные, или обобщающие, решающие в первую очередь задачи обработки и упорядочения эмпирического материала (например, т.н. теории среднего уровня в социологии), и нарративные (описательные), строящиеся на повествовательных образцах, например исторические, географические, психологические и др.
Отметим, что в этой классификации речь идёт лишь о преимущественном значении той или иной логической организации теории, о ведущей стратегии построения концепции. Но очень редко мы можем встретиться с теорией, содержание которой является целиком дедуктивным. Чаще всего в составе научной теории присутствуют в той или иной мере и дедуктивные, и недедуктивные фрагменты. Например, медико-биологические, экономические, психологические концепции часто включают как дедуктивные конструкции, так и эмпирические обобщения и нарративные сюжеты.
2. Феноменологические и нефеноменологические научные теории.
Это деление обладает изрядной долей условности; определить здесь чёткую границу, видимо, невозможно. Прежде всего, мы не можем в общем случае утверждать, что какая-либо теория является феноменологической без соотнесения её с другими теориями из этой же предметной области. Данное подразделение является сравнительным. Его основанием служит относительная «глубина» той или иной теории, или степень её теоретичности в интерпретации и объяснении эмпирического материала. Феноменологические теории (греч. phainomenon — «явление») ограничиваются областью непосредственно наблюдаемого — его описанием и репрезентацией обнаруженных эмпирических свойств и закономерностей. Нефеноменологическая теория (используют также термин «эссенциальная») идёт дальше непосредственно данного, ища скрытые механизмы, глубинные причины изучаемых явлений. Например, соотношения феноменологическое / эссенциальное присутствуют в химии (феноменологических) описательных теориях, повествующих о химических веществах и их качествах, и в (эссенциальных) теориях химического строения.
Не следует давать феноменологическим теориям априорно низкую оценку. Во-первых, построение этих теорий является необходимым этапом в научном познании, создающим условия для перехода к более «глубоким» теориям. Во-вторых, они могут иметь и самостоятельное значение там, где выходит на первый план и ценится именно накопление самого эмпирического материала (скажем, в описательных разделах истории, антропологии, геологии, химии и др.). В этом случае предпочитают
говорить о качественных, описательных или таксономических теориях. Нередко феноменологические теории строятся сознательно как этап в общей программе исследований, например в социологических изысканиях, где может быть сформирована целая иерархия концепций, относящихся к различным теоретическим уровням.
Кроме того, в целом нельзя считать, что переход от феноменологической теории к эссенциальной — это всегда переход от недедуктивной теории к дедуктивной. Так, например, и нарративные концепции могут иметь различную степень теоретичности.
Помимо рассмотренных разновидностей, в литературе говорится и о таких видах теорий, как детерминистские и вероятностные (в зависимости от используемого в них концептуального аппарата), содержательные и формализованные, и др.