Гидроагрегат № 2 проходил последний капитальный ремонт в 2005 году, его последний средний ремонт был проведён в период с 14 января по 16 марта 2009 года. После проведённого ремонта гидроагрегат был принят в постоянную эксплуатацию; при этом были зафиксированы повышенные вибрации оборудования, остававшиеся, тем не менее, в пределах допустимых значений. В ходе эксплуатации гидроагрегата его вибрационное состояние постепенно ухудшалось и в конце июня 2009 года перешло допустимый уровень. Ухудшение продолжилось и в дальнейшем; так, к 8:00 17 августа 2009 года амплитуда вибрации подшипника крышки турбины составляла 600 мкм при максимально допустимых 160 мкм; в 8:13, непосредственно перед аварией она возросла до 840 мкм. В такой ситуации главный инженер станции в соответствии с нормативными документами был обязан остановить гидроагрегат с целью выяснения причин повышенной вибрации, чего сделано не было, что и послужило одной из главных причин развития аварии. Система непрерывного виброконтроля, установленная на гидроагрегате № 2 в 2009 году, не была введена в эксплуатацию и не учитывалась оперативным персоналом и руководством станции при принятии решений.
Саяно-Шушенская ГЭС, как и другие крупные гидроэлектростанции, играла важную роль в системе автоматического регулирования режима энергосистем по частоте и перетокам мощности (АРЧМ) Объединённой энергосистемы Сибири и была оборудована системой группового регулирования активной и реактивной мощности (ГРАРМ), которая позволяла в автоматическом режиме изменять нагрузку на гидроагрегаты в зависимости от текущих потребностей энергосистемы. Алгоритм ГРАРМ Саяно-Шушенской ГЭС предусматривал недопустимость работы гидроагрегатов в зоне, не рекомендованной к работе, но никак не ограничивал количество переходов гидроагрегатов через данную зону в процессе изменения их мощности по командам ГРАРМ.
За 2009 год гидроагрегат № 2 проходил зону не рекомендованной работы 232 раза, находясь в ней в общей сложности 46 минут (для сравнения, гидроагрегат № 4 за тот же период времени произвёл 490 проходов через зону не рекомендованной работы, проработав в ней 1 час 38 минут). Необходимо отметить, что эксплуатация гидроагрегатов в зоне, не рекомендованной к работе, заводом-изготовителем турбин не запрещалась, отсутствовали также и ограничения на прохождение гидроагрегатов через эту зону.






