РМП дифференцируют от туберкулезных или сифилитических опухолеподобных грануляций, туберкулезных и простых язв, эндометриоза, хронического геморрагического цистита, гранулематозного цистита. При этом обычно требуется проведение курса инстилляций мочевого пузыря и противовоспалительную терапию, после чего проводится повторный осмотр и биопсия мочевого пузыря.
Цистоскопическая картина при прорастающих в пузырь опухолях матки и придатков, простаты, прямой кишки практически не отличается от таковой при РМП. Требуется консультация соответствующих специалистов.