Визуализация молекулярных структур с использованием программы Chem3D

Лабораторная работа №1

Начальные навыки работы с Программным комплексом

ChemOffice Ultra 9.0 CambridgeSoft Corporation

 

Задание 1

Редактирование структурных химических формул в программе ChemDraw

 

Задание 1.1

 

1).Открыть окно программы ChemDraw: ярлык на Рабочем столе или кнопка Пуск/Программы/ChemOffice /ChemDraw.

2). Выбрать и расположить в окне ChemDraw 4 автофигуры с контрольной панели.

3). Назвать каждую автофигуру: выделить, меню Структура/Назвать структуру.

4). Для одной из автофигур исследовать отдельные пункты КМ (Добавить, Поворот, Настройка объекта, Цвет). Применить различные цвета для линий автофигуры.

6). Сохранить документ.

 

Задание 1.2

1). На контрольной панели выбрать кнопку Текст, ввести формулу серной кислоты (H2SO4). Выделить формулу, назвать кислоту Структура/назвать структуру.

2). Выделить формулу, изменить цвет, размер, стиль, шрифт текста(КМ).

3). Конвертировать название в структуру: выделить название, меню Структура/Конвертировать название в структуру. Назвать полученную структуру. Сравните названия.

4). Конвертировать названия в структуру:

1-chloro-3-methylbenzene; (3-Bromo-phenyl)-phenyl-methanone.

5). Сохранить документ».

 

 

Задание 1.3

1). Построить структуру (Задание получить у преподавателя).

2). Проверить структуру, упорядочить структуру (соответствующие кнопки на панели инструментов).

3). Назвать структуру.

4). Конвертировать название в структуру.

5). Выделить структуру, меню Вид/Анализ ( или КМ/Анализ вещества). Полученную информацию вставить в документ.

6). Выделить структуру, меню Вид/Свойства вещества. Полученную информацию вставить в документ.

7).Создать объемную модель структуры: меню/Правка/Создать 3D модель.

8). Вставить объект: меню/Правка/Вставить объект..(Создать из файла- выбрать рисунок из папки Материалы для вставки объектов).

9). Сохранить документы.

Задание 1.4

1). Построить структуру, используя автофигуры на контрольной панели.

 

 

2). Проверить структуру, упорядочить структуру.

3). Назвать структуру.

4). Конвертировать название в структуру.

5). Отформатировать структуру: выделять отдельные фрагменты структуры, меню Цвет. Выделить название структуры, меню Текст. Установить рамки разного типа и цвета для структуры и названия. Изменить масштаб.

6). Сохранить документ.

Задание 2

Визуализация молекулярных структур с использованием программы Chem3D.

 

Задание 2.1

1). Открыть окно программы Chem3D: Ярлык на Рабочем столе или кнопка Пуск/Программы/ChemOffice /Chem3D.

2). Открыть файл «Автофигуры.cdx». Скопировать любые две автофигуры в разные окна программы Chem3D, для каждой модели показать названия атомов и их номера, включив соответствующие кнопки на панели инструментов[1].

3). Сохранить каждую модель под именем фигуры.

Задание 2.2

 

1). Открыть файл (Задание 1.2). Скопировать фигуру кислоты в е окно программы Chem3D.

2). Для модели серной кислоты открыть по очереди все пункты меню View (Вид), проанализировать получаемую информацию (открывающиеся окна при переходе к следующему пункту меню View закрывать).

3). В окне Комментарий (Comments Box)написать название модели.

4). Изменить цвет фона. Поменять цвет отдельных элементов модели (выделить элемент левой клавишей мыши, меню View /Color by/Element, или КМ элемента - пункт Выбор цвета).

5). Включить пункт меню View/Show Atom Dots.

Включить кнопки Demo (F5) и Полный экран.

Остановить вращение модели меню/Movie/Stop или щелкнуть по кнопке Demo.

6). Сохранить и закрыть файл.

 

Задание 2.3

1). Открыть новый файл.

2). Построить модель молекулы ацетона (смотри лекцию). Сохранить модель в папке Chem3D под именем «Ацетон.c3xml».

3). Открыть файл «Ацетон.c3xml», скопировать модель в два новых файла.

4). Преобразовать модель молекулы ацетона в модель молекулы воды. Для этого удалить лишние атомы углерода (выделить атом-Del, или КМ - удалить). Открыть панель ChemDraw (меню/View)

Сохранить файл под именем «Вода.c3xml»

5*).Преобразовать модель молекулы ацетона в модель молекулы кислоты HCl. Для этого удалить лишние атомы углерода, а в оставшийся атом углерода внедрить атом Cl (смотри инструкцию, шаг 5). Открыть панель ChemDraw.

Сохранить файл под именем «HCl.c3xml».

[1] Имена атомов показывать для всех моделей.