В Премьер-лигу

В 2000-е годы «Томь» наконец-то вышла в Премьер-лигу, для того чтобы город смог потянуть такой уровень игры, были проведены множества усовершенствований, как команды так и стадионов. В начале нового десятилетия финансировать «Томь» решила компания «Востокгазпром», также огромную поддержку оказал президент ОАО «Востокгазпром» Сергей Жвачкин. Позже уже компания «Томск-нефть» во главе с Сергеем Шимкевичем помогала «Томи» выйти в Премьер-лигу. Но сотрудничество с нефтяниками продолжилось только один год.

Зато команда ощутила прилив настоящего внимания со стороны властей города и области. Так, западная трибуна стадиона «Труд» была выстроена за зиму, к старту в первом дивизионе. Также большую роль сыграла поддержка губернатора Виктора Кресса и усилия депутата Госдумы Томской области Бориса Мальцева. Многочисленная поддержка, и финансирование «Томи» существенно помогла команде мастеров.

В середине сезона 2001 года пост главного тренера занял Валерий Юрьевич Петраков из московского «Торпедо». Новому наставнику удалось вдохнуть веру в своих подопечных и вывести команду на прочное седьмое место. Но седьмое место нового тренера не устраивало, и в 2003 году он вывел команду на третье место, не догнав только «Рубин» из Казани и «Черноморец» из Новороссийска. Однако в последнем туре томичи потеряли шанс выйти в Премьер-лигу.

В Кубке России в эти годы «Томь» не раз побеждала клубы элитного дивизиона, в том числе таких, как московское «Торпедо». Хотя болельщикам пришлось изрядно поволноваться: после смены тренеров и обновления состава сибирская команда провалила старт сезона 2004 и оказалась на дне турнирной таблицы. Дальнейшая борьба за место в Высшей лиги казалась бессмысленной, однако проявив характер, «Томь» на самом финише обошла саратовский «Сокол». 6 ноября 2004 года в битком набитом стадионе состоялось историческое событие, огромный праздник: обыграв «Анжи» 4:2 «Томь» вышла в Премьер-лигу! В элитном дивизионе сибирякам пришлось нелегко. Несмотря на это под руководством уже Бориса Стукалова на стартовом отрезке команда, к полному восторгу всего Томска и всей Сибири, добилась победы над питерским «Зенитом» и ничьей с ЦСКА.

Пережив потом трудные времена – безвыигрышные серии, домашние неудачи, смену тренеров – «Томь» сумела в итоге завоевать неплохое для дебютанта десятое место. А известные российские клубы осознали, что привезти очки из Томска – дело крайне сложное.

С возвращение в «Томь» тренера Валерия Петракова команда, укрепилась, вышла на новый уровень и даже пробилась в группу лидеров. После первого этапа чемпионата 2006 года томичи занимали третью строчку в турнирной таблице, а во втором круге продолжали борьбу за высокие места.

Лидер атак «Томи» Павел Погребняк выдал ударную бомбардирскую серию, за что был приглашён в сборную России. Лишь потеря по ходу сезона генерального спонсора «Томск-нефть» и последовавший за этим кризис не позволили томичам побороться за первую пятёрку, но и восьмое место весьма неплохой показатель.

Чемпионат 2007 года получился для сибиряков мене удачным, – 11 место, зато в Кубке России томичи на чужих полях одолели трёх соперников, включая чемпиона страны питерский «Зенит», и вышли в полуфинал кубка страны, за что футболисты команды были удостоены звания «Мастер спорта Российской Федерации». Следующий сезон 2008 года выдался сложным и неровным. Но к счастью осенью команду возглавил опытнейший специалист Валерий Непомнящий.

В следующем году опытного тренера, всю его команду и её болельщиков ждало суровое финансовое испытание. Мировой и отечественный кризис ударил по команде. В середине сезона томский клуб был на гране закрытия, задолжав игрокам по зарплате за 4-5 месяцев. Но благодаря поддержке тренеров, руководства и работников клуба, томских болельщиков, поддержке Владимира Путина томский клуб был спасён. У команды появились спонсоры из числа серьёзных компаний, работающих на территории области. И такая ощутимая поддержка сказалась на турнирных показателях. «Томь» даже сумела обыграть на стадионе «Петровском» питерский «Зенит», в итоге команда поднялась на 9-ю строчку в турнирной таблице.