2020-01-14
165
BLAST (Basic Local Alighnment Search Tool) − это еще одна поисковая система, предоставляемая сайтом национального центра биотехнологической информации NCBI. База содержит нуклеотидные последовательности 1400 прокариотических геномов и 225 геном эукариот. С помощью BLAST можно осуществлять поиск конкретной нуклеотидной последовательности во всех или в выбранных геномах, представленных в базе. В таком случае пользователь получает информацию о том, в геноме каких организмов встречается искомая или схожая с ней последовательность, на какой хромосоме, в каком гене или межгенном участке она находится и каковы ее координаты, а также степень соответствия искомой и найденной последовательности. Также BLAST позволяет искать белковые молекулы по последовательности аминокислот или нуклеотидов и нуклеотидные последовательности (гены) по аминокислотной последовательности.
Кроме поиска нуклеотидных или аминокислотных последовательностей, BLAST предоставляет возможности для разработки ПЦР праймеров для определенной последовательности нуклеотидов; выравнивания 2х и более нуклеотидных последовательностей; поиска консервативных доменов в нуклеотидных последовательновтях и других операций.
|
|
|
MEDLINE
(MEDical literature analysis and retrieval system onLINE) - база данных, разработанная National Lybrary of Medicine, которая содержит библио-графические ссылки (автор, название, журнал и резюме) в области медицины, молекулярной биологии и биохимии. Таким образом, для большинства биоло-гов, работающих в области молекулярной биологии или генетики, MEDLINE сегодня является первым и наиболее удобным источником библиографической информации. Кроме этого, MEDLINE интегрирована с другими базами дан-ных, что делает ее использование весьма эффективным.
Существует несколько удобных WWW интерфейсов для работы с MEDLINE. Среди них в первую очередь рекомендуются WWW Entrez и PubMed. Из прочих интерфейсов следует выделить BioMedNet и HealthGate.
Все из перечисленных интерфейсов имеют подробные инструкции по использованию, которые настоятельно рекомендуется изучить для эффектив-ного использования системы.
PDB
(Protein DataBank) - коллекция экспериментально определенных 3D-структур биологических макромолекул. Раньше содержала и теоретические модели, но начиная с июля 2002 года в основном депозитарии хранятся только экспериментально определенные структуры (рентгеноструктурным, ядерно-агнитнорезонансным и др. методами). Теоретические структуры выделены в отдельную подбазу, которая доступна для перекачки по FTP.
SWISS-PROT
База данных, содержащая аннотированные аминокислотные последовательности, транслированные с нуклеотидных последовательностей EMBL; адаптированные последовательности из PIR; а также последовательности, опубликованные в литературе и присланные непосредственно самими авторами. Последовательность помещается в SWISS-PROT только в случае, если имеется достаточно информативное описание кодируемого ею пептида. Содержит высококачественные неизбыточные аннотации, перекрестные ссылки на другие родственные базы данных (EMBL, Prosite, PDB). Каждая аннотация содержит описание функции белка, его доменной структуры, особенностей пострансляционной модификации, различные варианты. Имеется неаннотированное приложение (TREMBL).
|
|
|
TREMBL (TRanslated from EMBL) – база данных, в которую помещаются последовательности, кодирующие недостаточно описанные пептиды, для того чтобы обеспечить доступ к последовательности до тех пор, пока не накопится достаточно информации для перевода этой последовательности в SWISS-PROT.
http://molbiol.edu.ru/
Практическая молекулярная биология. Сайт является незаменимым для биохимиков, генетиков, микробиологов и молекулярных биологов. Это крупнейшая биологическая база данных. Сайт содержит подробный справочник, который состоит из наиболее важных разделов. Здесь можно найти руководства и рекомендации по выполнению тех или иных операций, подробное описание методов исследования (работа с бактериями, бактериофагами, эукариотическими организмами, дигибридные системы, методы выделения и анализа ДНК про- и эукариотических организмов, работа с белками), методики и расчеты для приготовления растворов, подбор необходимых для исследования ферментов и реактивов. Можно следить за свежими публикациями. Имеются обзоры различных биологических ресурсов и программ, а также ссылки на биологические журналы и гранты биологического профиля. Внимание уделяется также образованию и образовательным ресурсам. Имеются сведения о компаниях и русскоязычных институтах биологического профиля, а также ссылки на полезные web-ресурсы.
http://www.scirus.com/srsapp/
Scirus – наиболее полная поисковая система для ученых в Интернете. Основанный на последних поисковых технологиях, он ищет более, чем в 300 миллионах определенных для науки Web-страницах, позволяя пользователям быстро находить:
• Научные, медицинские и технические сведения;
• Последние публикации; рецензируемые журналы; патенты и журналы, которые обычно пропускают другие поисковые системы.
• Поисковик предлагает уникальные функциональные возможности для ученых и исследователей
• Эта поисковая система обращает внимание только на те Web-страницы, которые содержат научную информацию.
Scirus поможет быстро определять местонахождение научной информации в Интернете:
отфильтровывает ненаучные сайты;
находит рецензируемые статьи формата PDF и файлы PostScript, которые являются часто невидимыми для других поисковиков;
ищет глубже чем другие поисковые системы, показывая таким образом нужную информацию.
С Scirus, можно:
• выбрать диапазон предметных областей для поиска;
• сузить ваш поиск по конкретному автору, журналу или статье;
• ограничить поиск диапазоном даты;
• найти информацию о научных конференциях, резюме и патентах;
• усовершенствовать, настроить и сохранить результаты поиска.
http://www.molbiol.ru/
Информационный проект, поддерживаемый русскоязычным биологическим сообществом. Здесь можно найти руководства и рекомендации по выполнению тех или иных операций, подробное описание методов исследования (работа с бактериями, бактериофагами, эукариотическими организмами, дигибридные системы, методы выделения и анализа ДНК про- и эукариотических организмов, работа с белками), методики и расчеты для приготовления растворов, подбор необходимых для исследования ферментов и реактивов. Можно следить за свежими публикациями. Имеются обзоры различных биологических ресурсов и программ, а также ссылки на биологические журналы и гранты биологического профиля. На этом сайте есть форум для его пользователей, в котором можно получить ответы на многие интересующие вопросы, касающиеся материалов представленных на данном сайте.
|
|
|
http://highwire.stanford.edu/
Этот сайт секции библиотеки Стэнфордского университета предлагает вниманию пользователей огромную базу материалов, которые можно загрузить бесплатно в полном объеме. Источниками предлагаемых статей являются 975 журналов. Читатели имеют возможность доступа к полным текстам почти 1 435 924 статей, которые перед публикацией получили рецензию экспертов. Возможен быстрый поиск и расширенный поиск (по авторам статей, названиям, цитатам, ключевым словам и т.д.).
http://mfold.rna.albany.edu/?q=DINAMelt.
Программа, призванная обеспечить эффективность автоматического дизайна праймеров. Встроенные приложения позволяют оценить не только вероятность образования вторичных структур при заданных условиях реакции, и предположить, насколько возможно взаимодействие между праймерами одной пары. Позволяет учитывать такие параметры, как концентрации солей и рабочие температуры, при которых будет осуществляться реакция.
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/tools/primer-blast/index.cgi?LINK_LOC=BlastHome
Наиболее удобный браузер для дизайна праймеров. Позволяет использовать уже готовые варианты, а также генерировать праймеры с нуля, учитывая разнообразные параметры и максимально приближая результат к требуемому. Чаще всего программа подбирает не один, а несколько возможных вариантов, которые в дальнейшем можно проверить и выбрать самые подходящие.
ДЕЙСТВУЮЩИЙ ЛИЧНЫЙ САЙТ В WWW
http://www.mischkova-olga.narod.ru
ГРАФ НАУЧНЫХ ИНТЕРЕСОВ
магистрантки биологического факультета Мишковой О.А.
специальность биология
Смежные специальности
| Основная специальность
| Сопутствующие специальности нет |
ТЕСТОВЫЕ ВОПРОСЫ ПО ОСНОВАМ ИНФОРМАЦИОННЫХ ТЕХНОЛОГИЙ
