После приема пищи концентрация ионов аммония в портальной вене - 0.3 мM. Когда кровь проходит по сосудам печени, концентрация ионов аммония в ней может повышаться до1 мM. Однако, когда кровь покидает печень и входит в системную циркуляцию, концентрация понижается до 0.02 мM. Эти возможности печени по усвоению аммиака связаны с особенностями морфологического строения печени
Гепатоциты расположенные вокруг капилляров портальной системы после приема пищи получают кровь, богатую питательными веществами. Эти клетки обогащены глутаминазой и ферментами синтеза мочевины. Глутаминаза аллостерически активируется ионами аммония, так что ионы аммония, поступающие в гепатоциты, активируют фермент, который превращает глутамин в ионы аммония и глутамат. Основная масса ионов аммония удаляется из циркуляции перипортальными гепатоцитами. Кm карбомоилфосфатсинтетазы для аммиака примерно 1 мM. Карбомоилфосфатсинтетаза I и глутаминаза аллостерически активируются N-ацетилглутаматом.
Перивенозные гепатоциты образуют один из слоев клеток, что окружают центральную вену. Эти клетки обогащены глутаминсинтетазой, с низким значением Кm для ионов аммония. Поэтому ионы аммония, которые не превратились в мочевину в перипортальных клетках, накапливаются в составе глутамина в перивенозных клетках.