Государственное управление функционировало по-особому в 1941 — 1945 гг. — Великой Отечественной войне. Основными чрезвычайными органами являлись: Ставка Главного командования, замененная Ставкой Верховного командования Государственный Комитет Обороны, областные и городские комитеты обороны, Совет по эвакуации, Комитет по эвакуации продовольственных запасов, промышленных товаров и предприятий промышленности, Учреждались соответствующие должности, аппараты, вырабатывалась в творческих поисках технология чрезвычайного управления.
Особые функции приданы были образованной 2ноября 1942 г. Чрезвычайной государственной комиссии по установлению и расследованию злодеяний немецко-фашистских захватчиков и их сообщников. 23 июня 1941 г. образована Ставка Главного командования (СГК). 10 июля 1941 г. создана Ставка Верховного командования под председательством И.В. Сталина, который 8 августа стал именоваться Верховным Главнокомандующим.
На местах в наиболее стратегически важных регионах формировались и действовали областные и городские комитеты обороны. Эти местные чрезвычайные органы обеспечивали единство управления в условиях чрезвычайного положения. Были созданы и вспомогательные чрезвычайные органы. 24 июня 1941 г. появился Совет по эвакуации в составе Н.М. Шверника и его заместителя А.Н. Косыгина. С 1943 г. государственное управление стало функционировать на основе не только текущих, но и перспективных планов.