Постоянные неурожаи и эпидемии, все это в итоге привело государство к серьезному кризису

Пока на Московском престоле были государи старой привычной династии, прямые потомки Рюрика и Владимира Святого, население в огромном большинстве своем безропотно и беспрекословно подчинялось своим "природным государям". Но когда династии прекратились, и государство оказалось "ничьим", земля растерялась и пришла в брожение.

Высший слой московского населения, боярство, экономически ослабленное и морально приниженное политикой Грозного, начало смуту борьбой за власть в стране, ставшей "безгосударственной".

Царь Борис Годунов

По смерти бездетного царя Федора Иоановича (в январе 1598года) Москва присягнула на верность его жене, царице Ирине, но Ирина отказалась от престола и постриглась в монашество. Когда Москва вдруг осталась без царя, взоры всех обратились на правителя Бориса Годунова. Его кандидатуру на престол усиленно и настойчиво проводил патриарх Иов, но Борис долго отказывался, уверяя, что ему никогда и на ум не приходило вступить на высочайший престол Российского государства. Был созван земский собор из представителей всяких чинов всех городов Московского государства, и собор единодушно избрал на царство Бориса Федоровича.

Но родовитые бояре и князья, потомки Рюрика и Гедемина, затаили в душе злобу и зависть к новому царю "выскочке", потомку татарского мурзы на русском престоле.

С другой стороны, и Борис на престоле обнаружил недостаток нравственного величия и трусливую подозрительность; опасаясь боярских интриг и крамол, он завел систему шпионажа, поощрял доносы, награждал доносчиков и преследовал подозреваемых или обвиняемых в измене бояр; в 1601 году подверглись ссылке и заточению несколько бояр, в том числе братья Романовы, из которых самый способный и популярный, Федор Никитич, был подстрижен в монахи (под именем Филарета).

В общем правлении Борис старался поддерживать порядок и правосудие. Он нанимал к себе на службу иностранцев, а русских молодых людей посылал учиться за границу. При нем успешно продолжалась русская колонизация Сибири и построение русских городов (Туринск, Томск).