Однако Хрущев продолжал реализовывать свои идеи на селе. Суть их, как уже отмечалось, сводилась к созданию крупных хозяйств индустриального типа с мощной машинно-тракторной базой. Вся сельскохозяйственная техника еще со времен коллективизации была сосредоточена в МТС, где существовала своя ремонтная база, работали трактористы и комбайнеры, обслуживавшие несколько близлежащих хозяйств. Система МТС была, конечно, далека от совершенства и нуждалась в реформировании. Но принятое Хрущевым решение положило начало новому этапу разрушения колхозно-совхозной системы, означавшему окончательный отказ от курса сентябрьского пленума 1953 г. и прервавшему положительную динамику сельскохозяйственного производства. В марте 1958 г. был принят закон о реорганизации МТС и продаже техники колхозам. Согласно ему, хозяйства должны были в принудительном порядке за один год выкупить у МТС всю технику, зачастую уже устаревшую и изношенную, по высоким ценам. В одночасье все хозяйства, за редким исключением, стали убыточными. Это привело к снижению оплаты за трудодень. Ни о каком экономическом стимулировании труда колхозников речь больше не шла. Государство моментально вернуло себе все средства, вложенные в развитие села за предыдущие годы. Производство сельскохозяйственной продукции резко упало, а ее прирост составил за семилетку 1959—1964 гг. только 15% вместо запланированных 70%. Вопреки прогнозам, квалифицированные кадры механизаторов не шли работать в убыточные колхозы, а старались устроиться в райцентре или уезжали в город.
Преобразование колхозов в совхозы
Административное "укрепление" колхозно-совхозной системы вновь пошло по уже пройденному пути слияния нескольких хозяйств в одно. Важно понимать, что теперь речь шла об уже укрупненных недавно хозяйствах. С 1957 г. каждый год ликвидировалось около 10 тыс. довольно крупных хозяйств. Параллельно без всякой на то необходимости шло преобразование колхозов в совхозы, в результате которого на практике достигалось "слияние двух форм собственности в одну". В начале 1960-х годов "неперспективными", то есть подлежащими сселению, были названы тысячи сел и деревень, большая часть которых находилась в российском Нечерноземье. "Колхозный строй" был сильно подорван: из 91 тыс. колхозов, существовавших в 1955 г., к 1963 г. осталось лишь 39 тысяч.