Органы управления специальными формированиями — это Главное управление по руководству специальными формированиями здравоохранения, которое создается в Министерстве здравоохранения и социального развития Российской Федерации, а также отделы и секторы по руководству специальными формированиями здравоохранения, которые создаются в органах управления здравоохранением субъектов Российской Федерации.
В структуре специальных формирований здравоохранения органы управления составляют около 6% от общей их численности.
Тыловые госпитали здравоохранения являются специальными формированиями здравоохранения, предназначенными для приема раненых и больных военнослужащих (далее — раненые и больные), поступающих из госпитальных баз фронтов (флотов), войск военных округов (в том числе, из очагов массовых санитарных потерь), оказания им специализированной медицинской помощи, лечения до определившихся исходов и реабилитации.
Тыловые госпитали здравоохранения Российской Федерации (далее тыловые госпитали) являются неотъемлемой составной частью современной системы этапного лечения раненых и больных с эвакуацией их по назначению. Из тыловых госпиталей раненые и больные, по завершению лечения, могут быть возвращены в строй, эвакуированы для дальнейшего лечения в госпитали для ветеранов войн или уволены из Вооруженных Сил Российской Федерации и направлены по месту жительства.
Тыловые госпитали здравоохранения составляют около 92% от общей численности специальных формирований здравоохранения.
Обсервационные пункты являются противоэпидемическими учреждениями здравоохранения военного времени. Они предназначены для временной изоляции и обсервации следующих по железнодорожным, водным и воздушным путям сообщения воинских контингентов при их эпидемическом неблагополучии и выполняют функции противоэпидемических барьеров по предупреждению заноса и распространения инфекционных заболеваний в войсках и среди населения.
Обсервационные пункты составляют около 2% от общей численности специальных формирований здравоохранения.