Внесенные в сусло дрожжи дают довольно большой прирост и, следовательно, большое количество остаточных дрожжей. Остаточные дрожжи имеют ХПК порядка 0,53 кг/гл и относятся поэтому к очень мощным потребителям кислорода.
В связи с этим необходимо воспрепятствовать их проникновению в сточные воды, где они быстро вызовут процессы гниения.
Считается, что на 10 000 гл производимого пива ежегодно приходится удалять около 15-18 т остаточных дрожжей.
Наилучшим решением была бы, естественно, продажа этих богатых белком и витаминами дрожжей на корм скоту. Чтобы обеспечить их сохранность, дрожжи следует быстро пропарить, так как иначе они начнут бродить в желудке животного и вызовут колики. Кроме того, быстро начинается автолиз дрожжей с выделением газов с неприятным запахом.
Дрожжи также сушат и добавляют в комбикорма. Применяются дрожжи и в фармацевтической промышленности для производства витаминных добавок.