Она осуществляется путём фильтрации и диффузии. Основное значение имеет фильтрация, скорость которой определяется проницаемостью пород и изменяется в сотни тысяч раз. Скорость диффузии газов через воду составляет 0,6 см3/м2 в сутки, а через насыщенные водой горные породы 0,01-0,1 см3/м2. В земной коре наблюдаются диффузия одного газа в другом, диффузия газов в воде или нефти, диффузия газов в породах. Диффузия через породы в 10-100 раз медленнее, чем в воде.