Военная прокуратура в Российской Федерации входит в единую систему органов прокуратуры, но выступает в этой системе обособленно, имея при этом специфические задачи.
Военная прокуратура, осуществляя задачи, возложенные на прокуратуру РФ Федеральным законом "О прокуратуре Российской Федерации", направляет свою деятельность на укрепление законности и правопорядка в Вооруженных Силах РФ, безопасности РФ, боеспособности и боевой готовности Вооруженных Сил РФ, воинской дисциплины и установленного порядка несения воинской службы, прав и свобод военнослужащих и призванных на сборы военнообязанных, членов их семей, гражданского персонала Вооруженных Сил РФ, прав и законных интересов воинских частей, учреждений, военно-учебных заведений, предприятий и организаций Вооруженных Сил РФ, а также других воинских формирований.
Военная прокуратура образует свою систему, высшим звеном которой является Главная военная прокуратура, входящая в состав Генеральной прокуратуры на правах структурного подразделения. Помимо нее в систему военной прокуратуры входят:
- прокуратуры военных округов, групп войск, флотов, прокуратура Ракетных войск стратегического назначения, прокуратура Федеральной пограничной службы и прокуратуры других войск, приравненные к прокуратурам субъектов Российской Федерации;
- прокуратуры гарнизонов, объединений и соединений, приравненные к прокуратурам районов и городов.