Подтип Бесчерепные (Acrania)

К подтипу относится только один класс Ланцетники, включающий около 35 видов мелких морских животных.

Подтип Оболочники (Tunicata), или Личиночнохордовые (Urochordata)

Оболочники — своеобразная группа морских организмов, в строении которых не обнаруживается полного набора морфологических черт, присущих хордовым; они могут быть одиночными, могут образовывать колонии. Есть планктонные формы и формы, ведущие прикрепленный образ жизни. До работ А. О. Ковалевского, изучавшего онтогенез оболочников, их относили к беспозвоночным животным. А. О. Ковалевский доказал, что это несомненно хордовые, а примитивность их строения обусловлена неподвижным или малоподвижным образом жизни. Подтип делится на три класса — Асцидии, Сальпы и Аппендикулярии.