Инцидент в Пекине

После визита в Ургу неудобного маньчжурам Далай-ламы XIII в 1904—1905 годах он был принят в ставке Ханддоржа Дайчин-ван-хурэ; в поездке в Пекин к его свите присоединился его сын Данзанжамц. По фольклоризованной версии, рассказанной У. Ядамсурэном, Данзанжамц ослушался императорского приказа, за что был обезглавлен. Вызванному в Пекин Ханддоржу преподнесли его голову на блюде. Он сорвал с себя шапку с шариком — символом маньчжурской службы, и, приторочив к седлу голову сына, произнёс четверостишие:

Подошвам льняных тапочек маньчжуров и китайцев, / Копыту ослиному, / Через Калганский перевал перевалив, / Родины-Халхи, разъезжая, боле не топтать!

Национальная революция

Ханддорж участвовал в тайном совещании монгольской знати на Надоме 1911 года, на котором было принято решение отправить во главе с Т.-О. Намнансурэном делегацию с просьбой о поддержке в Санкт-Петербург, и вошёл в её состав. В ходе решающих событий национальной революции конца ноября 1911 года хошунное войско Ханддоржа в ночь на 1 декабря разоружило китайский гарнизон Урги.

Во вновь созданном правительстве Богдо-хана Ханддорж занял должность министра иностранных дел (монг. Гадаад хэргийн яамны сайд). По возвращению из Санкт-Петербурга зимой 1912 года, где он был награждён Орденом Анны I степени, а также Орденами Станислава I и II степени, он предложил Богдо-хану создать собственную наградную систему по образцу российской. По его инициативе в Урге в 1912 году открылась первая школа переводчиков русского языка. В сентябре 1913 года министерство пригласило в страну русских ветеринаров. В собственном хошуне Ханддорж хотел устроить склады русских купцов-кожевенников.

Ханддорж был убеждённым русофилом, что не нравилась ряду высоких чиновников ханства, и прежде всего Г. Бадамдоржу, несколько раз доносившему Богдо-хану о якобы изменнических планах министра. Как результат, в 1913 году Ханддорж был смещён с поста главы МИДа и не был отправлен на Кяхтинскую трёхстороннюю конференцию 1915 года в составе правительственной делегации, а вскоре после её окончания отравлен на приёме у Богдо-хана.