В геоморфологическом отношении территория пос. Шалакуша расположена в пределах Онего-Двинского водораздела, Коношско-Няндомской возвышенности. В рельефе территория представляет собой низменную аккумулятивную равнину с абсолютными отметками 50-80 м, с уклонами поверхности преимущественно до 20%, местами заболоченную.
Избыточные воды застаиваются в замкнутых западинах и насыщают грунты, способствуя развитию заболоченных территорий в южной и западной части пос. Шалакуша. Наибольшее развитие получили верховые болота с мощностью торфа до 4,5 м.
По территории пос. Шалакуша протекает р. Моша, разделяя его на две части. Основная часть посёлка располагается на правом берегу. Долина реки слабо выражена в рельефе и представлена поймой, сложена суглинистыми грунтами. Склоны поймы, обращённые к реке, крутые, местами обрывистые, высотой 3,0-4,0 м, подмываются водой во время паводка.
В геологическом строении территории принимают участие озёрно-ледниковые и ледниковые отложения. Озёрно-ледниковые отложения представлены песками, супесями, глинами, глинами ленточными. Моренные отложения - супесями, суглинками и глинами, подстилаемые известняком.
Современные отложения представлены насыпными грунтами и торфом разной степени разложения.
В понижениях рельефа, где затруднен сток атмосферных осадков, на поверхности залегают болотные образования – торф.