Работой каких министерств/ведомств руководит непосредственно Президент России?

Так, по Федеральному конституционному закону от 17 декабря 1997 г. № 2-ФКЗ «О Правительстве Российской Федерации» Президент РФ в соответствии с законодательством руководит деятельностью федеральных органов исполнительной власти, ведающих вопросами обороны, безопасности, внутренних дел, юстиции, иностранных дел, предотвращения чрезвычайных ситуаций и ликвидации последствий стихийных бедствий, утверждает по представлению председателя правительства положения о них и назначает руководителей и заместителей руководителей этих органов. По состоянию на ноябрь 2007 г. Президент РФ руководил деятельностью пятью федеральных министерств (внутренних дел; по делам гражданской обороны, чрезвычайным ситуациям и ликвидации последствий стихийных бедствий; иностранных дел; обороны и юстиции), пятью федеральных служб (фельдъегерской, внешней разведки, безопасности, по контролю за оборотом наркотиков, охраны) и двух федеральных агентств (Главным управлением специальных программ и Управлением делами Президента РФ, имеющими статус федеральных агентств).

Кроме того, Президент РФ непосредственно и через федеральных министров руководит также деятельностью федеральных органов исполнительной власти, находящихся в ведении соответствующих федеральных министерств.