Методи секвенування ДНК

Процес визначення нуклеотидної послідовності фрагмента ДНК називають секвенуваїш ям.

Найпоширенішим методом секвенування є дидєзоксинуклеотидний.

Назва методу походить від терміна «дидезоксинуклеотид». Дидезоксинуклеотид — дезоксинуклеотид, позбавлений 2 ’- і З’-гідрокисльних груп у молекулі рибози.

Відомо, що синтез ДНК відбувається за рахунок приєднання нуклеозидтрифосфату до З ’-ОН-групи нуклеотида. Приєднання дидезоксинуклеотида зупиняє процес нарощення олінуклеотидного

ланцюга, оскільки дидезоксинуклеотид не містить З’-ОН-рупи.

Для секвенування в різних пробірках одночасно проводять 4 реакції синтезу ДНК на матриці, послідовність нуклеотидів якої визначають.

Кожна реакція здійснюється у присутності одного із 4-х дидезоксинуклеотидів. Інкубація призначеної для секвенування одноланцюгової ДНК із праймером, ДНК-полімеразою І, сІАТФ, сІГТФ, с!ЦТФ, сГГТФ забезпечує копіювання фрагмента ДНК. Один із трифосфатів повинен бути радіоактивним, синтезовані ДНК є міченими. В кожній з пробірок синтезується унікальний набір олігонуклеотидів.

Для розділення молекул ДНК використовують електрофорез: молекули ДНК рухаються в електричному полі вздовж пластини поліакриламідного гелю зі швидкістю, залежною від довжини ланцюга — чим коротший ланцюг ДНК, тим швидше він рухається. Кожне приєднання нуклеотида змінює рухливість ланцюга. Ланцюгам з різною рухливістю відповідають полоси, які ідентифікують за допомогою радіоавтографії.

За допомогою спеціальних приладів (секвенаторів) процес секвєнування ДНК здійснюють автоматично.

Секвенування довгих нуклеотидпнх послідовностей За допомогою праймера і дидезоксиметоду секвенують перші 250 - 300 нуклеотидів. За результатами секвенування синтезують другий праймер і визначають послідовність наступних 250-300 нуклеотидів. Цей метод називається «праймер-опосередкованою прогулянкою» або «блукаючою затравкою». Метод дозволяє секвенувати дуже довгі фрагменти ДНК.Новий метод секвенування ДНК

Професор О. Аксиментьєв і його колеги розробили пристрій, що здатний записувати послідовності нуклеотидів у міру проходження молекули ДНК через нанопору у кремнієвому мікрочипі. В електричному полі молекула ДНК здатна проходити через пори діаметром 2 нм. Під час руху молекули ДНК через нанопори її електричне поле індукує специфічні електростатичні потенціали, що можуть бути зафіксовані і розшифровані.Цей метод дозволяє вивчати механічні властивості ДНК і здійснювати швидке і точне секвенування геномів. Як відомо, секвенування генома людини має високу собівартість. Вартість секвенування генома людини з використанням методу Аксиментьєва становить 1000 доларів.


Понравилась статья? Добавь ее в закладку (CTRL+D) и не забудь поделиться с друзьями:  



double arrow
Сейчас читают про: