На поверхности глобулы образуется участок, который может присоединять к себе другие молекулы, называемые лигандами. Примеры лигандов: лиганд белка-фермента – субстрат; лиганд траспортного белка – транспортируемое вещество; лиганд антитела (иммуноглобулина) – антиген; Лиганд рецептора гормона или нейромедиатора – гормон или нейромедиатор.
Центр связывания с лигандом, или активный центр, формируется из радикалов аминокислотных остатков, сближенных на уровне третичной структуры. В линейной пептидной цепи они могут находиться на расстоянии, значительно удаленном друг от друга.
Белки проявляют высокую специфичность (избирательность) при взаимодействии с лигандом. Высокая специфичность взаимодействия белка с лигандом обеспечивается комплементарностью структуры активного центра структуре лиганда. Комплементарность — это пространственное и химическое соответствие взаимодействующих поверхностей. В основе функционирования белков лежит их специфическое взаимодействие с лигандами. 50 000 индивидуальных белков, содержащих уникальные первичные структуры, формируют уникальные активные центры, способные связываться только со специфическими лигандами и благодаря особенностям строения активного центра проявлять свойственные им функции.