Прионная изоформа белка отличается от клеточной только по вторичной структуре, она имеет в основном бета-складчатую структуру, а клеточная форма - в основном альфа-спиральную [ Тер-Аванесян ea 1999 ]. Это верно, как для белка млекопитающих PrP, так и для всех остальных найденных прионов, в том числе и Sup35. Существуют модели, которые объясняют превращение клеточного белка в его прионную изоформу:
Прион: модель гетеродимеризации
Согласно "гетеродимерной" модели прионное состояние присуще мономеру белка, а превращение происходит, когда молекула клеточного белка связывается с мономером приона [ Cohen ea 1994 ]. После того, как белок приобрел прионную конформацию, пара диссоциирует и две освободившиеся молекулы могут снова участвовать в инициации конформационных переходов. Агрегация при этом рассматривается как вторичное явление.
Прион: модель полимеризации
Полимеризационная модель предполагает, что агрегация прионного белка неразрывно связана с изменением конформации, и превращение происходит непосредственно при присоединении клеточной формы к агрегату [ Jarrett ea 1993 ]. Полимеризационная модель подтверждается опытами in vitro, которые показывают, что прионообразующими свойствами обладают не мономерные формы, а высокомолекулярные агрегаты [ Caughey ea 1995 ].