- В 1990 году был образован Государственный комитет РСФСР по делам науки и высшей школы, просуществовавший до 11 ноября 1991 года.
- В 1991–1993 годах существовало Министерство науки, высшей школы и технической политики Российской Федерации. В рамках министерства существовал Комитет по высшему образованию, преобразованный в 1993 году в самостоятельный Государственный комитет Российской Федерации по высшему образованию.
- В 1993–1996 годах высшим образованием руководил Государственный комитет Российской Федерации по высшему образованию.
- В 1996 году Государственный комитет по высшему образованию был объединен с Министерством образования в единое Министерство общего и профессионального образования Российской Федерации.
- В 1996–1999 годах высшим образованием руководило Министерство общего и профессионального образования Российской Федерации.
- В 1999–2004 годах оно именовалось Министерством образования Российской Федерации.
- В 2004 году была проведена административная реформа, в результате которой было образовано Министерство образования и науки Российской Федерации, руководящее высшим образованием по настоящее время.
С 2004 года Минобрнауки также подчинена Федеральная служба по надзору в сфере образования и науки(Рособрнадзор), осуществляющая функции по контролю и надзору в области образования и науки, в частности лицензирование, аттестацию и аккредитацию образовательных учреждений, аттестацию научных и педагогических работников вузов, аттестацию выпускников образовательных учреждений, подтверждение и нострификацию документов об образовании.