Отметим, это только приблизительный анализ, так как для более точного анализа
необходимы варианты из регионов генома находящихся под нейтральным отбором, а у нас экзомные данные.
Тем не менее с использованием 5708 вариантов для M или 3096 для S удалось
провести вариант анализа по сравнению с данными 1000 геномов людей.
Результат PCA анализа на картинке внизу представляет из себя наложение двух
картинок для M и W посчитанных по отдельности, так как общих вариантов между
M и W слишком мало, чтобы оценить дистанции между M и W.
Как видно, нет совпадения ни с одной группой генов, также они отличаются д руг от друга.
Но нужно иметь в виду, что мы использовали кодирующие последовательности под отбором, а рекомендуется использовать варианты находящиеся под нейтральным отбором
Тем не менее, результат PCA хорошо согласуется с ручной проверкой вариантов,
показавшей, что данные находятся в нереференсной гомозиготе, что опять
говорит о том, что образы находятся далеко от генома современного человека.
|
|
Заключение
К сожалению, мы были ограничены только двумя образцами, обычно в такого типа
анализах используется больше, хотя бы 3-10 хоть как-то родственных. Поэтому
необходимо продолжение исследований с большим количеством образцов.
В то же время можно с большой вероятностью заключить, что образцы ДНК
Марии и Вавиты соответствуют человеческим ДНК, но не совпадают с доступными
нам ДНК из базы данных 1000 человек.
137