Пункт 3 статьи 89 НК РФ гласит, что выездная налоговая проверка в отношении одного налогоплательщика может проводиться по одному или нескольким налогам

Целью выездной налоговой проверки является контроль за соблюдением налогоплательщиком, плательщиком сборов или налоговым агентом законодательства о налогах и сборах.

В случае выявления в ходе проверки фактов нарушений иного законодательства Российской Федерации, не относящихся к цели выездной налоговой проверки, они отражаются в акте проверки только в случае, если данными фактами обусловлены деяния, содержащие признаки налоговых правонарушений. Полученные сведения используются в рамках выполнения налоговыми органами функций контроля в пределах своей компетенции в установленной сфере деятельности, если такие функции предусмотрены федеральными законами, нормативными правовыми актами Президента Российской Федерации или Правительства Российской Федерации.

О фактах нарушений иного законодательства, не относящегося к предмету выездной налоговой проверки, в соответствии с заключенными межведомственными соглашениями (федерального и регионального уровней) сообщается в соответствующий территориальный орган такого ведомства, центральный аппарат ведомства. (Например: Соглашение Банка Российской Федерации N 01-15/3182, ФНС России N ММВ-27-2/5@ от 29.06.2010 "Об информационном взаимодействии между Центральным банком Российской Федерации и Федеральной налоговой службой", Соглашение о сотрудничестве Федеральной службы по надзору в сфере природопользования и Федеральной налоговой службы, утвержденное Росприроднадзором N 3-д, ФНС России N М-25-21/2 от 02.03.2007.)

Основанием для проведения выездной налоговой проверки является решение налогового органа, в котором состоит на учете проверяемый налогоплательщик.

Если же проверяемая организация имеет статус крупнейшего налогоплательщика, то решение о ее проверке выносит налоговый орган, осуществивший ее постановку на учет в качестве крупнейшего налогоплательщика. Самостоятельная выездная проверка филиала или представительства организации проводится на основании решения налогового органа по месту нахождения обособленного подразделения. Напоминаем, что данные о наличии у организации филиалов и представительств должны быть отражены в ее уставе.

На основании положений статьи 89 Налогового кодекса Российской Федерации (далее - НК РФ) решение о проведении выездной налоговой проверки выносит налоговый орган по месту нахождения организации или по месту жительства физического лица.

Выездная налоговая проверка налогоплательщика - иностранной организации, самостоятельно признавшей себя налоговым резидентом Российской Федерации, проводится по месту нахождения обособленного подразделения данной организации. Решение о выездной налоговой проверке выносит налоговый орган по месту нахождения обособленного подразделения такой иностранной организации.

Самостоятельная выездная налоговая проверка филиала или представительства проводится на основании решения налогового органа по месту нахождения обособленного подразделения.

Решение о проведении выездной налоговой проверки должно содержать следующие сведения:

- полное и сокращенное наименования либо фамилию, имя, отчество налогоплательщика;

- предмет проверки, то есть налоги, правильность исчисления и уплаты которых подлежит проверке;

- периоды, за которые проводится проверка;

- должности, фамилии и инициалы сотрудников налогового органа, которым поручается проведение проверки.

Форма решения руководителя (заместителя руководителя) налогового органа о проведении выездной налоговой проверки утверждается федеральным органом исполнительной власти, уполномоченным по контролю и надзору в области налогов и сборов (смотрите форму данного решения в Приложении N 3 к Приказу ФНС России от 08.05.2015 N ММВ-7-2/189@ (далее - Приказ ФНС РФ N ММВ-7-2/189@)).

Пункт 3 статьи 89 НК РФ гласит, что выездная налоговая проверка в отношении одного налогоплательщика может проводиться по одному или нескольким налогам.

Предметом выездной налоговой проверки является правильность исчисления и своевременность уплаты налогов. При этом в рамках выездной налоговой проверки может быть проверен период, не превышающий трех календарных лет, предшествующих году, в котором вынесено решение о проведении проверки, если иное не предусмотрено нормой статьи 89.2 НК РФ (пункт 4 статьи 89 НК РФ).

Отметим, что в рамках проверки участника, осуществляющего капитальные вложения в срок, не превышающий пяти лет со дня включения его в реестр, инспекция может проверить период не более пяти календарных лет, предшествующих году вынесения решения о проведении проверки (пункт 2 статьи 89.2 НК РФ). При этом указанный участник проекта в течение шести лет должен хранить данные бухгалтерского и налогового учета и других документов, необходимых для исчисления и уплаты налогов, при исчислении которых были использованы налоговые льготы, предусмотренные для участников проектов. Кроме того, необходимо сохранять и документы, подтверждающие соответствие показателей реализации проекта требованиям к таким проектам и (или) его участникам.

В соответствии с разъяснениями, предоставленными ФНС России в письме от 22.10.2007 N ШТ-6-03/809@ "О направлении письма Минфина России от 19.06.2007 N 03-07-08/160", срок проведения выездной налоговой проверки исчисляется со дня вынесения решения о назначении проверки и до дня составления справки о проведенной проверке.

В пункте 5 статьи 89 НК РФ закреплено, что налоговые органы не вправе проводить две и более выездные налоговые проверки по одним и тем же налогам за один и тот же период (смотрите, например, постановление ФАС Центрального округа от 19.02.2009 по делу N А08-2803/2008-25, постановление ФАС Центрального округа от 15.04.2008 по делу N А36-2862/2007, постановление ФАС Поволжского округа от 18.12.2007 по делу N А65-5017/07).

Также они не вправе проводить в отношении одного налогоплательщика более двух выездных налоговых проверок в течение календарного года, за исключением случаев принятия решения руководителем федерального органа исполнительной власти, уполномоченного по контролю и надзору в области налогов и сборов (смотрите Постановление Правительства Российской Федерации от 30.09.2004 N 506 "Об утверждении Положения о Федеральной налоговой службе"), о необходимости проведения выездной налоговой проверки налогоплательщика сверх указанного ограничения.

При определении количества выездных налоговых проверок налогоплательщика не учитывается количество проведенных самостоятельных выездных налоговых проверок его филиалов и представительств (смотрите, например, постановление ФАС Северо-Западного округа от 27.04.2009 по делу N А56-27517/2008).

Налоговые органы не вправе проводить выездные налоговые проверки за период, за который проводится налоговый мониторинг в отношении налогов, обязанность по исчислению и уплате которых возложена на налогоплательщика, за исключением следующих случаев:

1) проведение выездной налоговой проверки вышестоящим налоговым органом - в порядке контроля за деятельностью налогового органа, проводившего налоговый мониторинг;

2) досрочное прекращение налогового мониторинга;

3) невыполнение налогоплательщиком мотивированного мнения налогового органа.

В случае проведения выездной налоговой проверки по основанию, указанному в настоящем подпункте, предметом выездной налоговой проверки являются правильность исчисления и своевременность уплаты налогов в соответствии с мотивированным мнением;

4) представление налогоплательщиком уточненной налоговой декларации (расчета) за период проведения налогового мониторинга, в которой уменьшена сумма налога, подлежащая уплате в бюджетную систему Российской Федерации, по сравнению с ранее представленной налоговой декларацией (расчетом).

Пункт 6 статьи 89 НК РФ регламентирует, что выездная налоговая проверка не может продолжаться более двух месяцев (смотрите, например, постановление ФАС Поволжского округа от 21.01.2009 по делу N А12-7693/2008).