На протяжении всего XVII в. сохраняется значение боярской Думы как высшего совета при царе. «Государь без Думы и Дума без государя были одинаково явлениями ненормальными» (М.Ф. Владимирский-Буданов). Функции Думы не были четко определены, основывались на обычном праве, традиции и определялись формулой «государь сказал, и бояре приговорили». К ее компетенции относились вопросы внутренней и внешней политики, суда и администрации. Отдельные самостоятельные указы царя, как правило, объясняются необходимостью оперативного решения какого-либо вопроса или его относительной незначительностью, а боярские приговоры без указа царя — соответствующим поручением или междуцарствием.
Статус боярской Думы сохранялся неизменным, но ее фактическая роль в управлении государством менялась. Оставаясь аристократическим органом, Дума постоянно увеличивала свой состав за счет низших чинов — думных дворян и думных дьяков, корпус которых формировался на основе не принципа родовитости, а по личным служебным заслугам. Из состава боярской Думы стала выделяться «ближняя дума» из особо доверенных лиц царя (в том числе не имеющих думского чина), с которыми он предварительно обсуждал и принимал решения по вопросам государственного управления. Постепенно нарастает процесс бюрократизации работы Думы, из ее состава в 1681—1694 гг. выделяется специальная Расправная палата с переменным составом подьячих.