Для получения достоверных результатов анализа перед сбором мочи для исследования рекомендуется тщательно вымыть наружные половые органы, так как бактерии, находящиеся на коже, могут оказаться в моче и создать ложное впечатление о бактериурии (бактерии в моче указывают на наличие воспалительных заболеваний почек и мочевыделительных путей). Женщинам не рекомендуется сдавать мочу для анализа по Нечипоренко во время менструации, так как кровь, попавшая в мочу, также указывает на наличие серьезных заболеваний мочевыделительной системы. Кроме того, накануне перед сдачей мочи не рекомендуется употреблять в пищу овощи и лекарства, изменяющие цвет мочи (например, свекла, морковь, антибиотик Рифампицин и т.д.)
Для исследования мочи по Нечипоренко собирается средняя порция первой утренней мочи: во время первого утреннего мочеиспускания первые несколько секунд мочу пропускают в унитаз, затем среднюю порцию (мочу, выделяемую в середине мочеиспускания) собирают в специальный стерильный контейнер. Мочу, собранную для анализа по Нечипоренко, рекомендуется доставить в лабораторию утром того же дня, так как промедление может спровоцировать увеличение числа бактерий и получение ложных результатов анализа.