В июне 2000 г. был принят федеральный закон, по которому членами верхней палаты парламента — Совета Федерации (СФ) становились не руководители исполнительных и представительных органов власти субъектов федерации, а их представители, работающие в СФ на профессиональной (постоянной) основе четыре года. Председателем обновленного состава Совета Федерации стал С.М.Миронов, представитель законодательного собрания Санкт-Петербурга. Бывшие члены Совета федерации вошли в состав нового совещательного органа при президенте — Государственного Совета.
Реорганизация коснулась и руководства комитетами нижней палаты парламента — Государственной Думы. В 2001 г., после того как коммунисты выступили с резкой критикой разработанной Центром стратегических разработок во главе с министром экономики Г.Грефом и утвержденной правительством долгосрочной программы социально-экономических реформ, фракция КПРФ лишилась руководства большинства комитетов. Это усилило позиции центристских фракций (Единство, ОВР, Народный депутат), правых (Союз правых сил, ЯБЛоко) и ЛДПР.
В течение 2002-2003 гг. позиции президента и правительства еще более укрепились.