Кератансульфаты состоят из повторяющихся дисахаридных компонентов Gal–GlcNAc и содержат сульфаты в 6-м положении остатков GlcNAc и иногда – Gal.
Полисахарид в кератансульфате I присоединен к полипептидной цепи связью GlcNAc–Asn. Большие количества этого кератансульфата присутствуют в роговице глаза.
Кератансульфат II – протеогликан скелета, содержащийся в нем вместе с хондроитин-сульфатом, связан с гиалуроновой кислотой рыхлой соединительной ткани. Его полисахаридные цепи присоединяются к полипептидной цепи с помощью связи GalNAc–Thr(Ser).