2015-05-10
588
После 1958 г. главные усилия моей группы были направлены на изучение консервативной, негенетической РНК, составляющей основную часть тотальной клеточной РНК. Быстро выяснилось, что преобладающая ее часть (около 90%) представляет собой компонент рибосом - внутриклеточных рибонуклеопротеидных частиц, являющихся молекулярными "фабриками" по производству белков. В серии блестящих работ английских, французских и американских исследователей [23-25] было доказано, что рибосомы и РНК рибосом сами не несут генетической информации для синтеза белков, а служат универсальным, неспецифическим аппаратом, который должен быть программирован информационной РНК (мРНК), чтобы синтезировать специфические, детерминированные соответствующими генами белки.
| Рис. 4. Схема конформаций и конформационных переходов ("развернутая цепь - стопка двуспиральных участков - компактная глобула") молекулы высокополимерной РНК в растворе как функция ионной силы, температуры и концентрации водородных ионов [26,27,29,30] |
Первые же исследования рибосомных РНК в нашей лаборатории показали, что это - крупные макромолекулы (молекулярный вес порядка 106), каждая из которых представляет собой одну ковалентно-непрерывную полинуклеотидную цепь [26, 27] в противоположность выдвинутому ранее представлению о субъединичном характере строения молекул рибосомных РНК [28]. Несколько ранее при изучении высокополимерной биологически активной (инфекционной) РНК из вируса табачной мозаики нам удалось обнаружить ее способность к формированию вторичной и третичной структур, то есть к складыванию и сворачиванию ее полинуклеотидной цепи в структуры с ближними и дальними внутрицепными взаимодействиями [29,30]. Подобное же поведение оказалось возможным продемонстрировать и в случае рибосомных РНК в растворе [26, 27]. В совокупности исследования физико-химических свойств и структурных характеристик изолированных высокополимерных РНК в растворе, выполненные в 1958-1962 гг., привели к формулированию следующих общих принципов их пространственной организации:
• РНК, в отличие от ДНК, - одноцепочечный полимер',
• РНК формирует вторичную структуру — набор коротких спиральных участков - в основном за счет антипараллельного комплементарного спаривания смежных отрезков цепи;
• РНК способна образовывать третичную структуру за счет дальних комплементарных взаимодействий внутри цепи и межспиральных взаимодействий;
• высокополимерная РНК способна сворачиваться в компактные частицы;
• РНК обладает значительной конформационной подвижностью (рис. 4).
Принцип формирования компактных структур высокополимерными РНК получил подтверждение и дальнейшее развитие в цикле работ Института белка АН СССР, организованного мной и моими коллегами в 1967 г. в Пущине. В электронно-микроскопических исследованиях рибосомных РНК, проведенных В.Д. Васильевым совместно с сотрудниками моей лаборатории, было впервые продемонстрировано, что в соответствующих условиях РНК образуют компактные частицы, специфические по форме, в зависимости от типа РНК, и форма компактно свернутой РНК определяет общую морфологию рибосомной частицы [31, 32]. Рибосома включает два типа высо-кополимерных РНК: так называемую 16S, или малую рибосомную РНК (мол. вес около 0.6 х 106), и 23S, или большую рибосомную РНК (мол. вес около 1.2 х 106). Каждая из них, совместно с рибосомными белками, входит в состав двух разных по размеру и форме рибонуклеопротеидных частиц, называемых рибосомными 30S и 50S субъединицами. Объединившись (ассоциация рибосомных субъединиц), эти две частицы образуют полную функциональную рибосому. Электронная микроскопия показала, что 16S и 23S РНК, без всяких белков, сами организуют свое сворачивание в компактные частицы специфической формы, похожие на соответствующие рибосомные субъединицы (см. [13], рис. 4). Отсюда следовал принципиально важный вывод о структурообразующей функции РНК. Ранее и способность к специфическому самосворачиванию в компактные глобулы, и функции структурообразования внутриклеточных частиц приписывались только белкам.
Этим наблюдениям предшествовали наши опыты по индуцированным структурным превращениям рибосом типа разворачивания рибосомных частиц в рибонуклеопротеидные тяжи без потери рибосомных белков [33, 34], а также разборки и обратной самосборки рибосомных белков на ядре РНК (реконструкции рибосом) [35], доказавшие, что при формировании рибосомных частиц РНК служит каркасом. Изучение нейтронного рассеяния рибосом совместно с группой И.Н. Сердюка в Институте белка АН СССР (см. [32]) дало дополнительные физические свидетельства о взаимном расположении РНК и белков в рибосомных частицах. В целом все это позволило сформулировать три общих принципа структуры рибосом:
• рибосома построена из двух неравных разделяемых субчастиц - малой и большой рибосомных субъединиц;
• две специфически самосворачиваемые высокополимерные РНК - рибосомные РНК - образуют компактные структурные ядра двух рибосомных субъединиц;
• разнообразные рибосомные белки и их группы специфически собраны на каркасе рибосомных РНК, в основном на периферии этих компактных ядер.
Рибосомы и их обе субъединицы были успешно кристаллизованы нами в Институте белка и совместной немецко-израильской группой (Г. Виттманн -ФРГ и А. Йонат - Израиль) еще в 80-х годах, после чего в нескольких лабораториях началось кристаллографическое рентгеноструктурное исследование с целью расшифровки их атомной структуры. В 1999-2001 гг. структура бактериальной рибосомы и ее субъединиц была определена с разрешением от 5.5 до 2.4 А в зависимости от объекта исследования американскими, английской и немецко-израильской группами исследователей [36-39].
Помимо информации о детальном устройстве рибосомы, полученные результаты полностью подтвердили вышеуказанные общие принципы ее структуры, и в первую очередь тот факт, что форма субъединиц определяется их компактно свернутой РНК, а рибосомные белки располагаются на периферии этих ядер. Полная рибосома - ассоциат двух разных, компактно и специфически свернутых РНК, лишь на части поверхности "декорированной" белками. Важно, что именно рибосомная РНК, как оказалось, образует главные функциональные центры рибосомы и определяет принципиальное устройство рибосомы как молекулярной машины, осуществляющей синтез белка по программе, записанной в мРНК. Вполне вероятно, что на заре жизни рибосома состояла только из РНК, а рибосомные белки - это более позднее эволюционное приобретение для стабилизации рибосомной РНК или улучшения ее функции.
