Всемогущая РНК

Способность РНК к формированию компактных трехмерных структур, как и в случае белков, дает основу для специфического взаимодействия с другими молекулами - макромолекулами и малыми лигандами. Для молекул РНК, свернутых в специфическую глобулу, благодаря чему на ее поверхности создается уникальный пространственный узор, приходится допустить возможность функции молекулярного узнавания, как и у белков. В свою очередь, высокоизбирательное узнавание приводит к возможности специфического катализа химических реакций на манер ферментативного катализа реакций белками.

Пожалуй, первыми известными "узнающими" РНК можно считать так называемые "транспортные" РНК, или тРНК, выполняющие адапторную роль в биосинтезе белка (см. [13], рис. 1). Эти сравнительно небольшие РНК (мол. вес около 30000) представляют собой компактно свернутые молекулы с однотипной пространственной структурой (см. [13], рис. 3). Их назначение - перенос аминокислот из свободного состояния в состав синтезируемой рибосомой полипептидной цепи белка. Для выполнения этой задачи тРНК должна поочередно и очень избирательно взаимодействовать с целым рядом макромолекулярных структур в клетке: сначала с белком-ферментом (аминоацил-тРНК-синтетазой), несущим определенную активированную аминокислоту, затем, неся на себе ковалентно присоединенную аминокислоту, с другим белком (фактором элонгации EF-Tu), вместе с которым она поступает в рибосому, и потом одновременно с рибосомной РНК и мРНК в рибосоме. Хотя на этом пути, несомненно, реализуются функции специфического узнавания молекулами тРНК других макромолекул, долгое время все же молчаливо принималось, что основную роль играет узнавание тРНК со стороны белков - ферментов, факторов трансляции и рибосомных белков, но не наоборот.

Английский ученый Э. Кандлифф был первым, кто четко и определенно заявил о способности структурированных участков рибосомной РНК специфически узнавать малые лиганды ненуклеиновой и небелковой природы. Он представил экспериментальные данные в пользу избирательного взаимодействия (связывания) именно участков свернутой РНК, а не белков, с рядом антибиотиков рибосомного действия - тиострептоном, эритромицином, аминогликозидами (стрептомицином, канамицином, неомицином) [40]. Через 10 лет другими учеными были представлены прямые структурные данные о специфическом связывании аминогликозидных антибиотиков районом малой (16S) рибосомной РНК [41] (см. также обзор [42]).

Окончательное признание за РНК способности узнавать самые разнообразные молекулы и весьма специфично взаимодействовать с ними пришло благодаря аптамерам - небольшим по размерам синтетическим РНК, получаемым путем отбора из многих вариантов нуклеотидных последовательностей с помощью процедур так называемой "бесклеточной эволюции", "эволюции в пробирке" [43, 44]. Оказалось, что можно отобрать и размножить РНК, обладающие способностью избирательно связывать практически любой вид молекул, начиная от низкомолекулярных органических соединений и кончая различными индивидуальными пептидами и белками (см. обзоры [42, 45]). Другими словами, РНК, как и белки, действительно в полной мере могут обладать функцией специфического молекулярного узнавания.

Еще до этих исследований, в начале 80-х годов прошлого века, в лабораториях Т. Чека и С. Олтмана в США было сделано сенсационное открытие, осуществившее революцию в биохимии и молекулярной биологии: было показано, что РНК может быть специфическим катализатором биохимических реакций [46,47]. В течение всей предшествующей истории биохимии на протяжении десятилетий утверждалось, что биохимический катализ - "прерогатива" исключительно белков-ферментов. Поэтому и все теории происхождения жизни вынуждены были исходить из первичности белков как макромолекул, абсолютно необходимых для возникновения биохимического метаболизма (обмена веществ). Открытие каталитической функции РНК перевернуло все прежние представления об исключительной роли белков не только в возникновении жизни, но и в понимании самого явления жизни.

По аналогии с белками-ферментами - энзимами - каталитические РНК были названы рибозимами. По-видимому, почти все рибозимы, естественно существующие в живой природе в клетках современных организмов, так или иначе участвуют в процессах, связанных с превращениями полинуклеотидных цепей самих РНК. Однако оказалось возможным создавать и искусственные рибозимы с более широким спектром катализируемых реакций [48]. Кроме того, как выясняется из всей совокупности данных по структуре рибосом и особенностей катализируемой рибосомой реакции образования пептидных связей в процессе биосинтеза белка, каталитический центр этой реакции (пептидил-трансферазный центр рибосомы) формируется определенным доменом большой рибосомной РНК, без принципиального участия рибосомных белков, то есть имеет рибозимную природу [49,50].

Итак, именно после открытия каталитической функции РНК поменялась парадигма, и взоры биологов обратились к РНК. В самом деле, молекулы РНК способны делать все то, что делают белки: складываться в специфические структуры и определять формообразование биологических частиц, с большой точностью узнавать другие макромолекулы и малые лиганды и взаимодействовать с ними, наконец, осуществлять катализ ковалентных превращений узнаваемых молекул. Конечно, белки делают все это более эффективно и разносторонне, чем РНК. Но зато белки в принципе "не умеют" самовоспроизводиться - не существует никаких собственных белковых механизмов для воспроизведения их структуры, кроме как через РНК. В то же время РНК содержит все необходимые структурные предпосылки для точного воспроизведения ее собственной структуры.

РНК - близкий аналог ДНК, современного "вещества наследственности". Структурно ничто не мешает ей образовывать двойные спирали по типу ДНК, с полным соблюдением принципа комплементарности за счет формирования пар G-C, C-G, A-U и U-A между двумя полирибонуклеотидными цепями. В таком случае и воспроизведение (репликация) РНК на РНК представляется вполне разрешенным процессом. Действительно, хорошо известно, что двойные спирали РНК существуют в природе, и в первую очередь - в качестве самостоятельных РНК-геномов у некоторых вирусов (например, реовирусов и ротавирусов животных и человека). Вообще геномы в виде РНК, а не ДНК довольно распространены среди вирусов как животных, так и растений, а также бактериальных вирусов (бактериофагов), но в подавляющем большинстве случаев их геномная РНК представлена одной цепью РНК, на которой лишь после попадания вируса в клетку строится комплементарная цепь.

Так или иначе, вирусология давно доказала наличие таких же генетических репликативных функций у РНК, какие свойственны ДНК в клеточных организмах.

По-видимому, современные клеточные организмы не могли бы существовать без генетического "единоначалия" ДНК, и на самостоятельное воспроизведение РНК эволюцией был наложен строгий запрет, иначе происходила бы дерегуляция генной активности в организмах, нарушение контролируемого генами баланса продуктов и процессов в клетке и полная дезорганизация жизни. Тем не менее репликация РНК на РНК в специальных случаях может осуществляться в нормальных клетках. Об этом свидетельствуют самые последние открытия новых классов малых негенетических РНК в клетках животных и растений - так называемых интерферирующих РНК (siRNA) и микpoPHK (miRNA) — с регуляторной и антивирусной активностью: функционирование и воспроизведение этих РНК требует их самостоятельной репликации [51].